新型病毒

2024-06-18

新型病毒(精选十篇)

新型病毒 篇1

1 资料与方法

1.1 流行病学资料

2014年4-5月, 南京某医院收治两名SFTS患者, 均为男性, 年龄分别为62岁和77岁, 来自安徽两个城市的不同乡村, 职业均为农民, 居住地为丘陵或山区, 均无疫区居留史, 均无布尼亚病毒阳性患者接触史。蜱虫叮咬史均不详。其中一名患者发病前两周有采茶经历, 另一名患者发病前两周有种地、割草史。

1.2 临床特征

2名患者均以发热、腹泻为首发症状。其中一名患者皮肤见瘀点和瘀斑。

1.3 实验室检查

血常规见粒系及血小板呈进行性降低, 其中WBC下降至 (0.88~1.47) ×109/L, PLT最低为40×109/L, 血液生物化学检测酶谱较高, 包括转氨酶、乳酸脱氢酶、肌酸激酶等均明显升高, 肾功能损害, 肌酐升高, 低钙血症。

1.4 病原学检查

从患者血清提取病毒核酸, 使用台塑公司组织RNA全自动萃取试剂盒提取RNA, 按试剂盒说明书操作。实时荧光定量PCR检测:S-F:GGGTCCCTGAAGGAGTTGTAAA, S-R:TGCCTTCACCAAGACTATCAATGT, 探针:FAM-TTCTGTCTTGCTGGCTCCGCGC (引物序列由江苏省疾控中心提供) 。PCR反应体系用QIAGEN公司的Quanti Tect®Probe RT-PCR Kit (Cat.No 20443) 试剂盒配制。扩增反应条件:反转录50℃30 min;变性95℃5 min;95℃10 s, 60℃40 s;扩增40个循环。标准模式为每个循环60℃40 s时收集荧光。Ct值≤37且有对数增长曲线的为扩增阳性, Ct值>37且有对数增长曲线需重复实验, 仍有数增长曲线的为扩增阳性, 无对数增长曲线的为扩增阴性。反应在ABI 7500 fast荧光定量PCR仪上进行。分析软件为SDS v1.3.2。

1.5 序列测定

用参考文献[9-10]所述方法对布尼亚病毒基因组依赖RNA的RNA聚合酶、糖蛋白、N蛋白以及核衣壳蛋白区域进行RT-PCR扩增, 引物具体序列如下:bun rdrp-S:5'-ATGGACAACCCTGCATTCG-3, bun rdrp-AS:TCAGCTTCTAGGCTAAAACCAG;bun gly601-S:AAGAGTTTTAGCCAAAGTGAATTCCC, bun gly1753-AS:ACATTCCTTCATATTTCCGCTCCC;bun NS1043-S:CTTCAGCCACTTCACCCGAAC, bun NS 1646-AS:GCAGCAGCTCAATTTGACT。由英潍捷基 (上海) 贸易有限公司合成。反应采用Takara公司的PrimerScript one step RT-PCR kit Ver.2进行反应, 反应步骤如下:取标本2μL, 体系为20μL, 其中2×1 Step Buffer 10μL, Taq酶0.8μL, 步骤为50℃30 min, 94℃4 min, 94℃30 s, 55℃30 s, 68℃60 s, 72℃7 min延长, 35 cycles。PCR产物用QIAXCEL毛细管电泳仪观察结果。

1.6 序列测定和分析

将PCR阳性产物送金斯瑞 (南京) 科技有限公司纯化和测序。从Gen Bank的核酸序列数据库中下载SFTSV的核酸序列片段, 将下载序列同本研究检测到的序列利用Gen Bank进行序列比对和同源性分析。

2 结果

2.1 对比结果

0428株和0507株均获得1000 bp的依赖RNA的RNA聚合酶条带、1156 bp的糖蛋白条带和537 bp的N蛋白条带, 见图1。

2.2 在Gen Bank上进行序列比对和同源性分析的结果

布尼亚病毒 (0428) 的序列比对结果:依赖RNA的RNA聚合酶基因、糖蛋白基因、非结构蛋白基因与Gen Bank中安徽株AHL/China/2011的L大片段 (Accesion JQ670934.1) 、M片段 (JQ670930.1) 、S片段 (JQ670932.1) 同源性分别达99%、99%、99%, 与河南株HNXY_212的L大片段 (KC292327.1) 、M片段 (KC292300.1) 、S片段 (KC292273.1) 同源性分别达96%、96%、98%, 与江苏株JS2011-109的L大片段 (KC505138.1) 、M片段 (KC505139.1) , S片段 (KC505140.1) 同源性分别达95%、97%、98%。

注:A:RDRP电泳图谱;B:糖蛋白基因电泳图谱;C:非结构蛋白基因电泳图谱

另一株布尼亚病毒 (0507) 的序列比对结果:依赖RNA的RNA聚合酶基因、糖蛋白基因、非结构蛋白基因与江苏株JS2011-013-1的L大片段 (Accesion KC505126.1) 、M片段 (Accesion KC505127.1) 、S片段 (KC505128.1) 同源性分别达99%、99%、99%, 与河南株HNXY_212的L大片段 (KC292327.1) 、M片段 (KC292300.1) 、S片段 (KC292273.1) 同源性分别达96%、95%、95%, 与安徽株AHL/China/2011的L大片段 (Accesion JQ670934.1) 、M片段 (JQ670930.1) 、S片段 (JQ670932.1) 同源性分别达95%、95%、96%。

3 讨论

SFTSV属于布尼亚病毒科白蛉病毒属, 病毒颗粒为具包膜的球形, 直径80~100 nm, 主要分布在细胞内微粒体, 表面有糖蛋白突起等。基因组含3个单股负链RNA片段, 分别为L、M和S片段, L片段全长为6368个核苷酸, 包含单一读码框架编码RNA依赖的RNA聚合酶;M片段全长为3378个核苷酸, 含有单一的读码框架, 编码1073个氨基酸的糖蛋白前体;S片段是一个双义RNA, 基因组以双向的方式编码病毒核蛋白 (NP) 和非结构蛋白[11]。卢静等对SFTSV结构和非结构蛋白的表达研究发现, NP蛋白抗原性很强, SFTS病人血清中NP特异性抗体可能为主要抗体。而NSs患者血清中不诱导产生抗体或仅产生极少的抗体, 很难被检测到[12]。

本次研究的两个病例从流行病学上看, 均为来自安徽农村, 但是序列分析结果显示其来源可能不同。0428株 (安庆) 的RNA多聚酶、糖蛋白、NS蛋白的同源性与安徽代表株AHL/China/2011的同源性最高, 均达到99%。而0507株 (滁州) 的RNA多聚酶、糖蛋白、NS蛋白与AHL/China/2011同源性分别仅为95%、95%、96%, 而与江苏株JS2011-013-1的同源性高达99%。地理位置上看, 滁州为苏皖交汇地区, 与南京接壤, 因此来自滁州的患者感染的布尼亚病毒可能来自江苏, 因而与江苏代表株的同源性最高[13,14,15]。

新型病毒 篇2

抗击新型冠状病毒作文1

这个春节和往年不一样,预定的家族年夜饭被临时取消,我的北京故宫之旅也泡了汤,新年祝福也都“坐”上了电话,“搭”上了微信被送给了家人朋友,除了坚持节日值班的爸爸妈妈不得不出门外,我、妹妹和爷爷奶奶在家呆着都快要“发霉”了,就连下楼都变成了一种奢望……

这一切都是因为一种外表“美丽”却充满“破坏力”的病毒——新型冠状病毒来袭。通过新闻我了解到这种病毒来自于野生动物体内,是有人违法贩卖野生动物,残忍地把它们变成了餐桌上诱人的“美味”供人们食用。这让我想起了班主任周老师曾经在课堂上说过的一句话“你对待别人就像一面镜子,你怎么对别人,别人就怎么对你”!如果说那个时候我对于这句话并不是太理解,那么现在我可是深深体会到了,正是因为我们人类“吃掉”了野生动物,打破了与大自然的生态和谐,野生动物们体内的病毒才回来“伤害”我们,动物传动物,人传人,小区防疫管理,武汉整座城市被封,人人谈“冠”色变,好可怕啊!

作为《小主人报》南昌记者站的一名小记者,我有责任也有义务在疫情来袭之时发出自己的倡议:小朋友们,战胜病毒,我们要树立坚定的信心,从我做起,从身边做起,爱护大自然,保护小动物,管住自己的嘴,养成良好的卫生和饮食习惯,锻炼身体,增强体质,自己不生病就是对病毒最有力的打击!

别说我们的声音很微弱,我们的手中还有纸和笔,让我们书写祝福,画出鼓励“加油武汉,加油中国”!我们坚信这场没有硝烟的战争一定能打赢!

抗击新型冠状病毒作文2

2008年的 非典 想必大家都知道了,一场恐怖的瘟疫,为此许多鲜活的生命离开了这个美好的世界。而今年又迎来了新型冠状病毒,中国人民又面临着一次巨大的危机,我希望它尽快被消灭。让笼罩在中华大地上的阴霾尽快散开,让春风吹遍大地,人们重回美好生活。

这次疫情刚开始,是从电视新闻网络上看到,武汉出现了几例病毒感染者,我并没有太在意,还以为武汉离我们这么远,这病毒也过不来,因此我们照常生活,上学,一切都风平浪静。

可是我错了,它开始肆虐起来,从原来的几例,上升到几十例几百例、几千例,而且武汉的很多人因为新年团聚而返回自己的家乡,病毒便被携带着开始扩散,其它地方也开始出现,形势十分危急,我们开始感到十分焦急,每天不停地看新闻,刷微信,不知如何是好。很快,病毒感染者从最初的几例,变成了一万四千多例,而且还有两万例的疑似病例,这是一个多么庞大又惊人的数字呀!真是吓死人了!

春节期间,我们在刷抖音时,看到很多医生和护士,为了不让家人担心,以出差为借口,奋不顾身地奔向抗击病毒的最前线,很多国家也伸出援手向中国捐献了口罩和生化服,特别是巴基斯坦向中国捐献了三十万个口罩,八百套生化服,感谢他们,为了人民,前仆后继,奋勇逆行!

网络上,令人感动的抗击病毒的事迹太多太多,常常让我眼含热泪。一则报道说,有很多护士姐姐,为了更好的照顾病人,剪去了她们心爱的长发。还有许多照片上,医护人员卸下防护口罩后,脸上被勒出了深深的痕迹,一位医生阿姨的鼻梁上都有了淤血,真是令人心疼啊!还有一位医生背着家人奔赴抗击新冠病毒最前线,他坚定而勇敢地写下:“不计报酬!不论生死!”的豪言壮语,铮铮铁骨,令人肃然起敬!

最近这几天,我和家人一直呆在家里,不出门,不乱跑,不给祖**亲添乱,因为不添乱就是对控制疫情最大的帮助,所以我在家里宅着。虽然无聊到快要长草了,但是我们一想到那些抗战一线的医护人员,就会觉得我们是多么幸福。真心希望疫情早点过去。虽然疫苗还没有研究出来,但是国家已经公布了多种防护方法,而且医生们已经开始分离病毒,进入疫苗研究阶段,希望她们早日成功,来帮助染病的人,尽快扫除疫情。

这次疫情,举国上下,众志成城,我坚信,只要武汉加油!中国加油!我们一定会取得最终的胜利!

抗击新型冠状病毒作文3

过年的时候在我们全国范围内里爆发了一种新型病毒,是什么呢?这种新型病毒的名字叫做叫做,新型冠状病毒。

我们可不要小瞧他呀,他甚至比以前的非典还要厉害呢。虽然他现在获得这种病的人,死亡的人并不多,但是他一旦附在了人的身上,就难逃病魔了。

我们平时也要注意,特别是我们学生在外出旅游的时候,避免众多人群,要带上一次性口罩,因为如果你反复戴口罩的话,病毒可能会吸附在口罩上,我们也一定要正确的佩戴口罩,戴口罩时不要用手去碰口罩的内部,直接双手拿口罩,两侧戴在耳朵上就可以了。虽然我是不太喜欢戴口罩,因为戴口罩的话无非是太大或太小,再不然的话就是太闷了,遮住眼睛不好呼吸,虽然这种感受很不舒服,但是为了确保安全,我们一定要出门戴口罩,而且没事的时候不要成天旅游,你没事就不要出门旅游,别在那瞎转悠,为啥呢?因为电视上说,有一个医生出门旅游的时候就被感染了,并现在还在整治呢,我们也是,旅游是旅游,治病是治病,他俩虽然不能弄到一块,但但是旅游弄到治病上的话,那就弄到一块儿了。

我们一定要防着病,而且要勤洗手长换口罩,还要经常给屋内通风通风换气,使我们屋内的空气更好地流动,更加新鲜,呼吸起来也不会有病毒传染。

这个年吧,虽然有了新型冠状病毒,但是呢,我们的白衣天使医生护士们也不甘落后,他们正研制着疫苗呢,希望下一年来临之前把疫苗研制出来,让患上病毒的人们早早的解脱病毒的痛苦。

抗击新型冠状病毒作文4

近日,一场关于新型冠状病毒肺炎的无硝烟战争已经打响。这种新型冠状病毒的肺炎疫情已不仅仅是在武汉爆发了,它已陆陆续续在多地出现,并以一种“来势汹汹”的姿态席卷舆论场。在春节前夕,我们大多数人并没有察觉到这个病毒的危害性之大,还沉浸在迎新春的气氛当中,直到钟南山院士官方宣布“此病毒可能存在人传人的现象”时,大家才开始意识到事态的严重性。之后,“口罩”已成为人们保护自己的第一道防线,但是却有一些药店出现了哄抬价格等不当行为,这不禁引人深思——难道在国难面前,利益依然比生命更重要吗?

新型冠状病毒的肺炎之可怕不仅仅在于病毒本身,更在于春节之际的人流量大、且此病毒潜伏期长达14天,谁也无法预料这其中有多大的潜在性危险。在疫情面前,我们更应该团结一心,理性共渡难关。

做好顶层设计,为百姓戴上“口罩”。在国家危难之际,身为国家公务人员,必须奋战在一线,拿出对人民负责的态度,杜绝侥幸心理,坚决扛起肩上的责任。从有关专家呼吁“大家现在能不到武汉去就不去,武汉人能不出来就不出来”,到武汉防控升级全面封城,再到国务院、卫健委等都行动起来,无疑都在为遏制疫情努力,为百姓开启第一道也是最重要的防线,为人人自危的公民戴上预防病毒的“口罩”。科学、规范、有序地防治措施,对于纾解人们情有可原的焦虑,将产生深层次正向影响。而对于那些恶意哄抬口罩价格的商家,一定要严肃处理,深刻教育他们为健康让利。

奋战疫情一线,为国民穿上“防护服”。救死扶伤是医生护士们的天职,他们有个好听的名字,叫“白衣天使”。在新型冠状病毒的肺炎感染这个“恶魔”面前,她们毅然决然加入奋战疫情的队伍,在疫情面前,她们没时间去思考自己的安危,没时间去安慰担心他们的家人,没时间去享受春节的团圆喜悦,主动签下了请战书,奋战在疫情一线,没日没夜地致力于为病毒感染患者脱离危险。医生父子隔着隔离门互相鼓励,丈夫送医护妻子上武汉前线,耳鼻喉医生梁武东因新型肺炎去世……这一个个令人敬佩的英雄,用自己是生命健康诠释了医生的职责,正如他们请战书所言,“医者仁心!若有战!召必回!战必胜!定不辱使命!”。

固牢防控保障,为人民辟出“隔离带”。随着病情的蔓延,每日更新的全国疫情情况地图上红色区域(表示有确诊病例)在逐渐扩散。但令我们欣慰的是,许多公务人员取消了春节假期,在各省、各市县、各乡镇的批示下,深入社区、乡村,采取关闭各类可能聚众的公共场所、高速口设卡测体温、关闭卖野味的农贸市场、统计武汉返乡人员、大力宣传预防措施等方式,为人民拉起“隔离带”。尽管如此,我们每个人还应该有防微杜渐的意识,向周围的亲戚朋友传达预防新型肺炎的小知识,过一个特殊的春节——少串门,少聚众,勤洗手,戴口罩,不恐慌,不传谣。

预防肺炎,从自己做起;众志成城,共渡难关;武汉加油,中国加油!

抗击新型冠状病毒作文5

今天是千年一遇的对称日,20200202,当你们看到这篇文章的时候,说不准还是202002022020呢。今天如此重要,今天我们依然在疫情之下,共渡难关。

这让我想到了2003年的非典。

2003年,非典降临在北京,致使千万人沾染病毒。在18年后的今天,上帝又给我们一次考验:新型冠状病毒。

有网友称:“武汉人因为吃了山涧的野蝙蝠,让病毒得以传播。”有网友响应:“毒死那些嘴馋的人,让他们再祸害我们。”

我想说的是,既然病毒已经开始传播,我们需要做的,不是辱骂同胞,而是及时行动,战胜病毒。

好在武汉人民在病毒还未肆虐时,就进行了封城。我看新闻说,很多人杞人忧天,从超市大量采购米面油,导致粮油供应不够。武汉市政府注意到了这一点,立刻采取行动,每天保障将600吨米面油和蔬菜运往武汉。

速度之快把我都吓了一跳。

我们在看看武汉医院方面,普通医院无法隔离更多患者,便开始建造火神山、雷神山医院,而且在六天内完成。

六天!两座医院,太神速了!

有些工人大年三十不回家,就为了这场疫情抛洒汗水,太可歌可泣了!

武汉市长表示,火神山医院将于2月2日建完,2月3日正式接收病人。雷神山医院将于2月5日建成,2月6日正式接收病人。

我眼前仿佛浮现出一些巨人,正挥着锤子建造医院。工人们努力着,科学家们在也没有硝烟的战场上为我们的祖国奉献着。钟南山院士还表示,武汉能够过关的,武汉本来就一个很英雄的城市。

中华儿女,每个人都在为这场战役努力着。

我们需要做的是,在这个特殊时期,不造谣、不传谣、不信谣,不要随意出门。

说到这里,我又想到了抢购风潮:初一抢口罩,初二抢大米,初三抢酒精、消毒液,初四抢护目镜,初六抢手套,初七抢双黄连口服液。

专家呼吁我们不要聚众,不要随意走动,可我们倒好,天天出门抢东西。

疫情当前,我们诚惶诚恐是可以理解的,但是大半夜抢购双黄连实在是匪夷所思啊!双黄连抑制病毒,那也是有病了才能抑制。可如果我们没有得病,家里囤这么多口服液,要拿它压箱底吗?

退一万步说,如果双黄连真的有用的话,为什么不把它留给更需要它的人呢?

在这紧要关头,我们要相信我们的国家,相信我们的党和政府,相信我们的医护人员,更要相信我们自己。

2003年的非典,我们战胜了,18年过去后的今天,我们难道不能战胜新型冠状病毒吗?!

类似SARS的新型病毒 篇3

最初,科学家们在沙特阿拉伯吉达市的一个60岁的男人身上发现了这种病毒,这个男人在今年春季患上了严重的肺炎。医生们无法识别致病菌。他们将采样送往荷兰鹿特丹的伊拉斯姆斯医学中心(Erasmus MC)。在那里。经科学家们确认。感染原是一种冠状病毒。据了解,冠状病毒可以引起许多疾病,如:普通感冒和多种肠胃感染。在卡塔尔和约旦也突然出现了感染这种病毒的病例。到目前为止。研究人员总共已经确诊了九个被感染的病例,其中五个病人已经死亡。另外,还有几个疑似病例,尚未确诊。

这种病毒被称为hCoV-EMC(“伊拉斯姆斯医学中心人类冠状病毒”的简称),研究人员为其进行了完全测序。该病毒的基因组显示,它与SARS冠状病毒密切相关。

不久前。有关这项新研究的情况发表在《微生物学》(mBio)杂志在线版上。研究论文的主要作者之一、德国波恩大学医学中心的病毒学家克里斯琴·德罗斯顿说:该研究试图解决一些其他基本问题。如该病毒的起源、进入细胞的方式,以及哪些其他动物会受到感染等。

科学家们知道,SARS病毒是通过一种叫做ACE2的受体来撬开细胞的。由于这些受体主要存在于人类肺部的深处。病人会患上极为严重的病症,通常病情太严重而不会将SAPS病毒传染给许多其他人,然而绝大多数具有风险的人群是照料病人的医疗卫生部门工作人员。如果hCoV-EMC病毒利用同一种受体进入细胞,那么研究人员在理解它的传播和预防方面就会有优势,主要是把医疗部门的工作人员保护起来就可以了。如果那样的话。也会有助于药物及疫苗的开发。

为了找出进入细胞的途径。研究小组利用生物工程技术处理了仓鼠幼鼠的肾细胞,使其表达人类的ACE2受体。不出所料,这些细胞可以感染SARS冠状病毒,但是却不能感染hCoV-EMC病毒。进一步试验支持该发现,因而研究人员得出结论:这种新冠状病毒并不利用ACE2受体进入细胞。亚特兰大埃默里大学的传染病学专家拉里·安德森说:该病毒到底利用了哪一种受体,研究人员尚不清楚,这是这项新研究的不足之处。

流行病学家们也想知道哪些动物物种能够感染这种病毒。以阻止这种新冠状病毒的进一步传播。为了确定哪些种动物会感染hCoV-EMC病毒,德罗斯顿及同事利用人类、猪以及多种蝙蝠的细胞做感染试验,发现该病毒能够感染所有这些种类的细胞。“一种冠状病毒可以轻易地返回去感染蝙蝠。这是不同寻常的。”德罗斯顿说。“绝大多数冠状病毒来源于蝙蝠,但是这些病毒一旦传播到其他物种身上。就再也不能使它们重新感染蝙蝠细胞了。”例如。SARS病毒来源于中国的菊头蝠。然而一旦在人类中找到了归宿,它就发生了巨大的变化,科学家们无法使其重新感染蝙蝠了。

“hCoV-EMC病毒可以感染蝙蝠细胞。这个事实与蝙蝠可能是该病毒来源的推测并不矛盾,但是研究结果没有证明蝙蝠就是病毒源,”安德森说,“该病毒一定来源于某种动物——对于所发生的情况。再也没有其他的解释了。可是,我们仍然不知道病毒的来源到底是什么。”

然而,德罗斯顿称:根据这些发现,这些新型冠状病毒好像能够感染多个物种。他说,这意味着:公共健康部门的官员将必须着手检查当地野生动物及家畜种群的感染迹象,以有效控制病毒的传播。

(译自:美国《科学》杂志网站,原著:CarrieAmold)

新型病毒 篇4

苏敬良等[1]和黄安国等[2]在北京和广西等地3~13日龄疑似鸭肝炎的北京鸭和樱桃谷鸭体内分离到2株与Ⅰ型和Ⅲ型鸭病毒性肝炎病毒无血清学交叉免疫反应的鸭病毒性肝炎病毒,认为出现了新的血清型,并将其命名为新型鸭肝炎病毒。2004年,我国台湾学者Tseng C H等[3]从具有明显鸭肝炎病变的1周龄俄罗斯雏鹅中分离到1株新型鸭肝炎病毒株,经中和试验证明该毒株与他们在1990年从病鸭上分离到的病毒同属为新型鸭肝炎病毒(new serotype duck hepatitis virus,NDHV)。2006年Kim M C等[4]首次报道了DHV全基因组序列,2007年韩国学者也分离到新型鸭肝炎病毒,并对其进行了全基因组测序分析,目前罗玉均等[5]都对Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒的基因组结构特征进行了分析。

目前,已有多种检测Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒抗原的方法,如病毒中和试验、免疫电镜检查、Dot-ELISA法和RT-PCR检测方法。研究根据目前已发表的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒基因组序列相对保守的区域分别设计2对鉴别引物,成功建立了Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒鉴别RT-PCR检测方法。初步应用结果表明,该方法具有良好的特异性,敏感性好,为Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒的鉴别诊断提供有效的理论依据。

1 材料和方法

1.1 病料的处理

无菌处理从广东省3个地区(湛江、三水、佛山)采集到的鸭病毒性肝炎病毒感染鸭的肝脏病料各1份,按1∶5加入灭菌PBS缓冲液后研磨,置于EP管中,反复冻融3次(每次冻融时使其在室温中缓慢融化,使细胞破裂释放病毒);融化后的液体3 000 r/min离心15 min;取上清液13 000 r/min离心15 min;弃除上层脂肪和下层沉淀,抽取中间清亮液体,用220 nm灭菌微孔滤膜过滤除菌,收集滤液,-20 ℃保存,备用。

1.2 主要试剂和毒株

Trizol试剂,购于Invitrogen公司;EX-Taq DNA聚合酶、10 mmol/L dNTP、AMV反转录酶、RNA酶抑制剂(Rnasin)、DNA Marker DL2 000、pMD18-T载体,购自TaKaRa公司。其他试剂为国产分析纯。新城疫病毒、禽流感病毒、Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒R株、Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒ZJ株、新型鸭病毒性肝炎病毒FS株、鸭瘟病毒、鸭疫里默杆菌,华南农业大学传染病教研室保存。

1.3 引物

参照GenBank中发表的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒全基因组序列,应用生物学软件Primer Primier 5.0分别设计了2对鉴定引物,特异性扩增Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒P1/P2(扩增长度为471 bp)和新型鸭肝炎病毒P3/P4(扩增长度为705 bp),引物由广州英骏公司合成。

Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒鉴定引物: P1 5′-GGGGATGACTGTGTTCTG-3′,P2 5′-GGGTATCCCACAACACTA-3′;新型鸭肝炎病毒鉴定引物: P3 5′-TGTGCCTGAGAAGCGGGATA-3′,P4 5′-CCGAAAGTGGAGATTAGGTG-3′。

1.4 病毒RNA的抽提

参照Trizol 法按照试剂说明书提取。

1.5 RT-PCR方法的建立

RT反应:取10 μL抽提的RNA样品进行反转录,加入25 nmol/L下游引物1 μL、10 mmol/L dNTP 2 μL、5×AMV 4 μL、40 U/μL AMV酶1 μL、RNA酶抑制剂(Rnasin)0.5 μL,最后用DEPC水补至20 μL。混匀后42 ℃水浴1 h,获得cDNA,置-20 ℃保存,备用。

PCR反应:分别用Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒cDNA为模板进行PCR扩增。EX-Taq酶预混剂10 μL,25 nmol/L的上、下游引物各0.5 μL,模板2 μL,加灭菌水补足体积至25 μL。涡漩振荡,充分混匀后置于PCR仪中扩增。反应程序为 94 ℃ 3 min;94 ℃ 1 min,Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒退火温度为56 ℃(新型鸭病毒性肝炎病毒退火温度为58 ℃),72 ℃ 1 min,30个循环;72 ℃延伸5 min;4 ℃保存。PCR产物于1%琼脂糖凝胶(0.5 μg/mL EB)中电泳检测。扩增产物送上海博尚公司进行测序。

1.6 特异性检测

Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒分别与实验室分离纯化的禽流感病毒、新城疫病毒、鸭瘟病毒、小鹅瘟病毒、鸭疫里默杆菌进行特异性试验。

1.7 敏感性检测

将Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒的cDNA用紫外分光光度仪分别测量其含量,分别为0.8 μg/μL和1.0 μg/μL,然后分别进行10倍系列稀释,分别将其做为模板进行RT-PCR扩增,以检测其敏感性。

1.8 临床样品的检测

按上述方法分别用这两对鉴别引物对具有鸭病毒性肝炎临床症状和病理变化的组织样品以及其他疾病的组织病料进行RT-PCR检测。

2 结果

2.1 特异性检测

该鉴别RT-PCR方法能够分别检测出Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒,能够从实验室分离并保存的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒R株和新型鸭肝炎病毒FS株扩增出与试验设计相符的471 bp和705 bp电泳条带,经测序分析结果与预期片段大小相符。而对照的禽流感病毒、新城疫病毒、鸭瘟病毒、鸭疫里默杆菌扩增结果均为阴性,见图1和图2。

M.DL2 000 Marker;1.Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒R株; 2.新型鸭肝炎病毒FS株;3.禽流感病毒;4.新城疫病毒; 5.鸭疫里默杆菌;6.鸭瘟病毒;7.阴性对照。

M.DL2 000 Marker;1.新型鸭肝炎病毒FS株;2.Ⅰ型鸭病毒性肝炎 病毒R株;3.禽流感病毒;4.新城疫病毒;5.鸭疫里默杆菌;6.阴性对照。

2.2 敏感性检测

建立的鉴别RT-PCR方法能够检测到Ⅰ型鸭肝炎病毒0.8 ng/μL、新型鸭肝炎病毒1 ng/μL的核酸模板,结果见图3和图4。

M.DL2 000 Marker;1.0.8 μg/μL;2.0.08 μg/μL;3.8 ng/μL; 4.0.8 ng/μL;5.0.08 ng/μL;6.80 pg/μL;7.0.8 pg/μL;8.阴性对照。

M.DL2 000 Marker;1.1 μg/μL;2.0.1 μg/μL;3.10 ng/μL; 4.1 ng/μL;5.0.1 ng/μL;6.0.01 ng/μL; 7.1 pg/μL;8.阴性对照。

2.3 临床样品的检测

用鉴别RT-PCR方法检测Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒的引物,能够特异性地检测出Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒,而其他病原的扩增结果为阴性;用新型鸭肝炎病毒的引物也只能特异性地检测出新型鸭肝炎病毒,其他病原的检测结果也为阴性。见图5。

M.DL2 000 Marker;1,2.Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒(R株和ZJ株);3.阴性对照;4.用Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒引物扩增新型鸭肝炎病毒病料;5.用Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒引物检测禽流感病毒;6.用Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒引物检测新城疫病毒;7.新型鸭肝炎病毒(FS株);8.用新型鸭肝炎病毒引物检测Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒病料;9.用新型鸭病毒性肝炎病毒引物检测禽流感病毒;10.用新型鸭肝炎病毒引物检测新城疫病毒;11~13.新 型鸭肝炎病毒临床病料检测。

3 讨论

近年来,鸭肝炎病毒不同血清型的出现给该病的预防与诊治带来了困难。因此,建立一种能够快速、特异的鉴别诊断Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒的检测方法具有重要意义。而目前诊断该病的方法还依赖于经典的中和试验,费时费力,不利于批量样品的检测;其他免疫学方法如单抗夹心ELISA、Dot-ELISA、单克隆抗体-PAP法等的尝试,由于各具有局限性未能得到推广应用。而PCR技术对于样本中病原体的检测具有常规诊断方法无可比拟的优势,它已在多种病毒的诊断检测中被广泛应用。

研究根据GenBank中Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒的全基因组序列,在保守区域设计合成了2对特异性引物,分别从实验室分离、保存的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒R株、 ZJ株和新型鸭肝炎病毒FS株中扩增出与预期471 bp和705 bp大小相符的目的片段,测序结果表明检测结果正确,说明该方法能够鉴别Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒,特异性好,且分别能够检测出模板含量为0.8 ng/μL和1.0 ng/μL的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒。因此建立的方法可初步应用于临床样品检测和流行病学调查,为临床上该病的诊断和防治提供了有效手段。

摘要:根据GenBank中公布的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和实验室分离到的Ⅰ型鸭病毒性肝炎ZJ株、Ⅰ型鸭病毒性肝炎R株所测序列(GenBank登录号分别为EU841005和EF585200)以及新型鸭肝炎病毒全基因组序列,应用Primer Primier 5.0软件,在序列保守区域分别设计了2对鉴别引物,成功建立了Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒的鉴别RT-PCR检测方法。结果表明:该方法能从Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒中扩增到与预期相符的471 bp条带,从广东佛山分离到的新型鸭肝炎病毒FS株中扩增到705 bp的条带,设计的2对引物能够特异性地检测出Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒,特异性好;分别能够检测出模板含量为0.8 ng/μL和1.0 ng/μL的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭肝炎病毒。因此,该方法可用于Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒和新型鸭病毒性肝炎临床样品的鉴别诊断和分子流行病学调查。

关键词:Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒,新型鸭肝炎病毒,鉴别RT-PCR

参考文献

[1]苏敬良,胡薛英,黄俞,等.新型雏鸭病毒性肝炎简报[J].中国动物保健,2009(9):16.

[2]黄安国,蒋玉雯,白安斌,等.新型鸭肝炎病毒的分离与初步鉴定[J].广西畜牧兽医,2003,19(3):198-199.

[3]TSENG C H,KNOWLES N J,TSAI N J,et al.Molecular analysis ofduck hepatitis virus typeⅠindicates that it should be assigned to anew genus[J].Virus Research,2007,123(2):190-203.

[4]KIMM C,KWON Y K,JOH S J,et al.Molecular analysis of Duckhepatitis virus typeⅠreveals a novel lineage close to the genusParechovirus in the family Picornaviridea[J].Joural of General Vi-rology,2006,87:3307-3326.

新型冠状病毒作文 篇5

“叮铃铃”,手机铃声响了。妈妈接过手机,发现是住在老家的外婆打来的。“妈,您有什么事情啊?”外婆和蔼地说:“小兰啊,妈这边有很多吃不完的猪肉,我寄些到你们那儿去吧!”妈妈一听,可开心了。我立马上前阻拦,礼貌地对妈妈和外婆说:“不可以寄的!难道你们不知道这几天病毒传得很厉害吗?最好别寄食物,特别是肉类,很危险!”外婆和妈妈听了,有些失落。“哦,对,差点把这个大事情忘了。不好意思,那就不寄了吧!”我关心地对外婆说:“外婆,您要注意身体呀!出门要带口罩,但尽量少出门哟!还要注意自己的身体健康,多穿点衣服!”外婆大笑着说:“知道啦,不用操那么多心。你自己也要听爸爸妈妈的话哟!”

在接下来的日子里,我很少吃肉类,几乎每天都吃素。每天吃饭前,我都洗手,至少五六遍。睡觉前,我勤洗漱。希望小伙伴们也要像我这样讲究卫生哦!

新型病毒 篇6

关键词:坦布苏病毒;囊膜蛋白;二级结构;B细胞表位

中图分类号: S858.335.3文献标志码: A文章编号:1002-1302(2014)06-0166-03

收稿日期:2013-09-13

基金项目:国家自然科学基金(编号:31172345);江苏省农业科技自主创新资金[编号:CX(12)5048]。

作者简介:韩凯凯(1983—),男,河南新乡人,博士,助理研究员,主要从事家禽病毒分子生物学研究。E-mail:hankk0917@126.com。

通信作者:李银,博士,研究员,主要从事家禽疫病流行病学和防治相关的研究。E-mail:muziyin08@163.com。2010年春季以来,上海、浙江、江苏等地相继暴发了一种導致鸭鹅产蛋量急剧下降的新发疾病,发病鸭鹅主要表现为高热、运动障碍、食欲下降甚至废绝、产蛋下降甚至停止,死亡率可达 5%~10%[1]。其典型病理变化表现为鸭鹅的卵巢先发生出血、萎缩、破裂,患病后期出现神经症状,倒地震颤,最终衰竭死亡。该病传播迅速、波及面广,几乎席卷了整个水禽养殖密集地区,给我国鸭鹅养殖业造成了巨大损失[2]。目前已证实,引起该病的病原为坦布苏病毒(Tembusu virus,TMUV)[3]。坦布苏病毒属于黄病毒科(Flaviviridae)不分节段的单股正链 RNA 病毒,含有单一的开放读码框,编码 结 构 蛋 白(C、 PrM、E)和 非 结 构 蛋 白(NS1、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B、NS5),其中E蛋白是坦布苏病毒的囊膜蛋白,由 500个氨基酸组成,在病毒的吸附、融合、细胞趋向性、病毒毒力和诱导保护性免疫反应中起重要作用[4]。测定E蛋白的晶体结构发现,它在空间上可以形成3个不同的结构域(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ区)。在乙型脑炎病毒E蛋白抗原表位研究中,Kolaskar等认为,E蛋白的三维结构域Ⅲ(292~402 aa)集中许多抗原中和表位[5]。Seif等通过分段表达E蛋白,证明了中和表位存在于 E373-399位的27个氨基酸序列内[6]。Wu等研究发现,JEV的中和位点主要集中在EⅢ的E307-309、E327-333、E386-390这3个区域内[7]。由于该病毒的发现时间不长,其主要蛋白抗原表位研究尚未见报道。有学者提出,蛋白质的二级结构、亲水性、柔韧性、抗原性、表面可及性等特性与B细胞抗原的表位分布存在密切联系[8]。本试验首次应用生物信息技术对鹅坦布苏病毒(goose Tembusu virus,GTMUV)E蛋白基因推导的肽链进行蛋白质二级结构和B细胞表位的预测分析,旨在为坦布苏病毒E蛋白功能的研究、抗体的制备及分子疫苗的设计等提供理论基础。

1材料与方法

1.1试验材料

预测所使用的坦布苏病毒毒株来自鹅源JS804株,其病毒开放阅读框氨基酸序列由笔者所在实验室测定,共有500个氨基酸残基,GeneBank登录号为JF895923。

1.2试验方法

先用单参数对毒株E蛋白的结构及性质进行预测,再采用不同的参数对E蛋白的二级结构及B细胞表位进行综合预测和分析。

1.2.1GTMUV E蛋白二级结构预测应用DNAStar软件的protean模块进行二级结构预测。采用Chou-Fasman法从氨基酸残基的晶体结构来预测蛋白质的二级结构;用Garnier-Robson法计算特定氨基酸残基在特定结构内部的可能性;用Karplus-Schultz法预测蛋白质骨架区的柔韧性。其中各参数的意义见相关文献[9-10]。

1.2.2GTMUV E蛋白B细胞抗原表位预测用DNA Star软件Protean程序预测B细胞抗原表位;用Kyte-Doolittle方法,同时依据氨基酸组成预测蛋白的亲水区和疏水区;用Emini方法预测特定区域于蛋白质表面的可及性;用Jameson-Wolf法预测蛋白的抗原指数,同时根据http://tools.immuneepitope.org/tools/bcell/iedb_input网址中的Kolaskar-Tongaonkar法预测蛋白的平均抗原表位指数。结合蛋白的亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数等对测定结果进行综合分析。综合预测结果,预测鹅坦布苏病毒E蛋白的潜在优势B细胞抗原表位,其中各参数的意义参考相关文献[11-13]。

2结果与分析

2.1GTMUV E蛋白的氨基酸序列

鹅坦布苏病毒E蛋白基因编码500个氨基酸,其理论分子量为54.38 kDa,理论等电点pI为7.32,存在跨膜区域。通过http://prosite.expasy.org/scanprosite/在线服务器预测表明,该蛋白有N_糖基化位点、蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶II磷酸化位点和N-豆蔻酰化位点。

2.2GTMUV E蛋白二级结构的预测

采用DNAStar软件的Chou-Fasman法、Garnier-Robson法以及Karplus-Schultz法对E蛋白的二级结构进行预测,结果见图1。

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Garnier-Robson法预测结果显示,E蛋白有14个α-螺旋,32个β-折叠区域。Chou-Fasman法预测结果显示,E蛋白有16个α-螺旋,23个β-折叠区域。2种方法预测出的α-螺旋均较β-折叠数量少;2种方法预测的α-螺旋共有12个,分别位于41~57、79~81、87~92、117~120、133~144、157~165、179~181、239~252、261~267、285~296、412~417、468~478区段上;2种方法预测的β-折叠区域共有20个,分别位于1~4、20~25、31~36、62~38、166~170、186~189、201~205、270~274、299~302、310~314、322~328、338~341、254~359、381~386、391~397、423~425、435~438、443~448、482~486、491~496区段上。同时发现,Garnier-Robson法预测的β-转角区域远远少于Chou-Fasman法,Gamier-Robson法预测的无规则卷曲分布区段相对集中,主要位于15~17、145~148、226~239、456~461区段上。

2.3柔韧性区域分析

利用Karplus-Schultz法预测E蛋白骨架区的柔韧性,由结果可知,E蛋白骨架区含有分布较均匀的柔韧性区域,肽链中具有较高表面可及性的区域主要在62~78、92~104、225~239、273~286、313~322、362~370和399~416区段上(图2)。由于这些蛋白肽段的柔韧性较大,发生扭曲、折叠的概率较高,因此形成表位的可能性较大,容易与抗体进行嵌合。

2.4E蛋白的B细胞抗原表位预測分析

2.4.1E蛋白的亲水性预测分析利用Kyte-Doolittle方法预测E蛋白的亲水性,结果显示,E蛋白具有较高的亲水性,亲水性区域的分布较均匀,主要分布在E蛋白肽链的36~45、60~104、119~137、147~165、174~199、207~251、275~309、310~320、391~405和475~483区段上(图3)。B细胞抗原表位多位于蛋白外侧,而亲水氨基酸残基多位于蛋白表面,因此该区段位于蛋白表面的可能性最大,作为抗原表位的概率也最高。

2.4.2E蛋白的表面可及性预测分析利用Emini方法进行E蛋白的表面可及性分析,结果表明,E蛋白肽链中具有较高表面可及性的区域在7~12、34~41、80~89、123~126、130~136、148~163、233~239、245~250、315~319、392~402和476~481区段上(图4)。由于这些区域可能位于蛋白分子表面,因此有可能形成表位。

2.4.3E蛋白的抗原指数及抗原表位指数预测分析应用DNAStar软件,采用Jameson-Wolf方法对E蛋白的抗原性进行预测。从图5的分析可见,E蛋白存在有多个潜在的抗原表位位点,具有较高抗原指数的区域在6~19、26~31、33~44、61~89、92~105、108~115、118~137、144~159、172~177、179~186、189~199、226~251、257~262、273~301、312~322、330~339、344~355、376~383、388~395、397~418和475~484区段上。Kolaskar-Tongaonkar法预测的E蛋白平均抗原表位指数为1. 027,详见图6。

2.5E蛋白B细胞抗原表位综合预测

通过对鹅坦布苏病毒E蛋白的二级结构、亲水性、柔韧性、抗原指数、表面可及性等参数分析显示,若抗原表位指数≥1.027,亲水性指数≥0,氨基酸的抗原表位可及性指数≥1,且区段内部或附近具有柔韧性结构,则这一区段为抗原表位的可能性较大。按照如上方法筛选表明,在E蛋白肽链的第35~41、80~89、148~159、245~251、314~320、392~402和475~482区段上,各种方案预测的结果基本一致,且在蛋白二级结构上含有较易形成抗原表位的转角和无规则卷曲结构。因此可以推测,E蛋白的B细胞抗原表位可能在以上区域内或附近。

3结论与讨论

B细胞识别蛋白抗原时,是以其表面的B细胞抗原受体(BCR)与蛋白抗原表位结合,此过程与抗原抗体的结合类似。作为B细胞的抗原表位,应位于或易于移动到蛋白抗原表面,有利于与B细胞抗原受体或抗体结合;同时还要有一定柔韧性,因为抗原与抗原受体或抗体的结合是一个相互嵌合的过程。因此,预测B细胞抗原表位时主要从蛋白质的二级结构、柔韧性、表面可及性和亲水性等几个方面入手。蛋白质二级结构与表位分布关系密切,在蛋白质结构中作为骨架起稳定作用的主要是α-螺旋和β-折叠,而决定蛋白质功能与抗原表位分布的则多是β-转角和无规则卷曲[14]。

由于螺旋区段和折叠区段的化学键能较高,主要维持蛋白的高级结构,且经常位于蛋白质内部,很难较好地与抗体嵌合,不易形成抗原表位;而转角区域和无规则卷曲区域的结构是比较松散的结构,易于发生扭曲、盘旋,并多位于蛋白质分子表面,有利于与抗体嵌合,成为抗原表位的可能性较大。蛋白质的柔韧性是指蛋白抗原构象不是刚性不变的,其多肽骨架有一定程度的活动性;亲水性分析结合二级结构预测已被广泛应用于抗原表位分析[15]。

本研究采用Chou-Fasman法和Garnier-Robson法预测鹅坦布苏病毒蛋白的二级结构,利用Karplus-Schulz法预测其柔性区域,利用Kyte-Doolittle方法预测E蛋白的亲水区和疏水区。结果显示,鹅坦布苏病毒E蛋白的二级结构较为复杂,且α-螺旋和β-折叠分布相对均匀,含有较多的转角和无规则卷曲等柔性区域,这些柔性区域的存在为抗原表位的确定提供了有力的证据。同时,与这些区域相对应的亲水性、柔韧性、抗原指数和表面可及性等参数也较高,因此预测这些区段应是潜在优势B细胞抗原表位所在区段。需要注意的是,一个蛋白质中某段氨基酸序列能否诱导体内产生抗体是多种复杂因素共同作用的结果。B细胞抗原表位,尤其是其构象表位,主要是通过三维立体结构来展现其抗原性,而生物信息学分析软件主要是对其二级结构进行预测,因此用于预测构象依赖型表位有一定的局限性。本试验的预测结果只能作为鉴定鹅坦布苏病毒E蛋白潜在表位的参考,预测结果正确与否还有待于科学研究证实。即便如此,通过生物信息学的方法对E蛋白进行预测,不仅可以了解坦布苏病毒E蛋白抗原的结构、功能、抗原抗体反应等有关免疫反应的诸多信息,而且对诊断试剂研发、药物制备和核酸疫苗设计等也具有指导意义。

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参考文献:

[1]Yun T,Ye W C,Ni Z,et al. Identification and molecular characterization of a novel flavivirus isolated from Pekin ducklings in China[J]. Veterinary Microbiology,2012,157(3/4):311-319.

[2]Huang X M,Han K K,Zhao D M,et al. Identification and molecular characterization of a novel flavivirus isolated from geese in China[J]. Research in Veterinary Science,2013,94(3):774-780.

[3]Yan P X,Zhao Y S,Zhang X,et al. An infectious disease of ducks caused by a newly emerged Tembusu virus strain in mainland China[J]. Virology,2011,417(1):1-8.

[4]朱丽萍,颜世敢. 鸭坦布苏病毒研究进展[J]. 中国预防兽医学报,2012,34(1):79-82.

[5]Kolaskar A S,Kulkarni-Kale U. Prediction of three-dimensional structure and mapping of conformational epitopes of envelope glycoprotein of Japanese encephalitis virus[J]. Virology,1999,261(1):31-42.

[6]Seif S A,Morita K,Matsuo S,et al. Finer mapping of neutralizing epitope(s) on the C-terminal of Japanese encephalitis virus E-protein expressed in recombinant Escherichia coli system[J]. Vaccine,1995,13(16):1515-1521.

[7]Wu S C,Lin C W. Neutralizing peptide ligands selected from phage-displayed libraries mimic the conformational epitope on domain Ⅲ of the Japanese encephalitis virus envelope protein[J]. Virus Research,2001,76(1):59-69.

[8]劉丽娜,潘渠,朱军民,等. 2-型猪链球菌保护性抗原RfeA的B细胞表位预测[J]. 成都医学院学报,2011,6(2):133-135.

[9]Chou P Y,Fasman G D. Prediction of the secondary structure of protein comformation[M]. New York:Plenum Press,1990:549-586.

[10]Garnier J,Osguthorpe D J,Robson B. Analysis of the accuracy and implications of simple methods for predicting the secondary structure of globular proteins[J]. Journal of Molecular Biology,1978,120(1):97-120.

[11]Kyte J,Doolittle R F. A simple method for displaying the hydropathic character of a protein[J]. Journal of Molecular Biology,1982,157(1):105-132.

[12]Emini E A,Hughes J V,Perlow D S,et al. Induction of hepatitis A virus-neutralizing antibody by a virus-specific synthetic peptide[J]. Journal of Virology,1985,55(3):836-839.

[13]Jameson B A,Wolf H. The antigenic index:a novel algorithm for predicting antigenic determinants[J]. Computer Applications in the Biosciences,1988,4(1):181-186.

[14]Doolittle R F. The roots of bioinformatics in protein evolution[J]. PLOS Computational Biology,2010,6(7):e1000875.

[15]Wang H W,Lin Y C,Pai T W,et al. Prediction of B-cell linear epitopes with a combination of support vector machine classification and amino acid propensity identification[J]. Journal of Biomedicine and Biotechnology,2011,Article ID:432830,

新型病毒 篇7

关键词:主动防御,模式识别,行为模式,虚拟执行

0 引言

恶意程序通常是指带有攻击意图所编写的一段程序。这些威胁可以分成两个类别:需要宿主程序的威胁和彼此独立的威胁。

病毒行为分析技术是对未知病毒查杀问题的一种解决方案。由于行为分析技术是基于程序的行为特征进行判断,属于一种模糊判别。因此,行为分析不可避免的会遇到误判的问题。

1 主动防御技术

主动防御是一种阻止恶意程序执行的技术。它比较好的弥补了传统杀毒软件采用“特征码查杀”和“监控”相对滞后的技术弱点,可以在病毒发作时进行主动而有效的全面防范,从技术层面上有效应对未知病毒的肆虐。

由于传统的基于病毒库扫描的反病毒软件都是很被动的,只能在新病毒出现之后才能有应付措施,即杀毒软件的滞后性,而主动防御却很好的解决了这个问题。主动防御技术主要是针对未知病毒提出来的病毒防杀技术,在没有病毒样本的情况下,对病毒进行全面而有效的全面防护,阻止病毒的运作,从技术层面上有效应对未知病毒的肆虐,一是在未知病毒和未知程序方面,通过“行为判断”技术识别大部分未被截获的未知病毒和变种。另一方面,通过对漏洞攻击行为进行监测,这样可防止病毒利用系统漏洞对其它计算机进行攻击,从而阻止病毒的爆发。

根据反病毒行业长期的经验可以知道,同家族的恶意程序的执行行为存在共同的模式,称之为行为模式。对程序执行行为进行关联性分析,识别同类程序的行为模式的技术,称之为行为分析技术。

当前的行为分析技术是发现和识别各个恶意软件家族的行为模式,并根据这些模式发现和判断未知病毒。但是如果通过学习恶意程序的行为模式来提升防护能力,仍然属于被动防御。为此,本文提出一种新型防御策略:针对用户行为模式的主动防御策略。系统通过监控用户的正常操作,识别了用户的执行模式。如果符合用户行为模式,则表明系统正常,否则证明系统感染病毒。

2 行为拦截工具

行为拦截工具是在应用程序执行时分析其行为,并封锁任何危险活动的程序。其主要工作原理是分析所有执行于系统中的处理程序行为,并将所有对档案系统与登录档案作出变更的行为资讯储存起来。

行为拦截工具具有一定的控制应用程序与Microsoft Windows系统登录的完整性的能力。封锁工具会监控针对注册机码所进行的变更,并可定义不同应用程序对注册机码的存取权限规则。因此便可在检测到系统中危险的活动,或甚至当未知的程序执行恶意活动后,恢复变更,借以还原系统至感染前的状态。行为拦截工具较为少见。卡巴斯基实验室产品中的Proactive Defense Module(主动防御模块)便是有效的新时代行为拦截工具之其中一例。

行为拦截工具可预防已知及未知病毒扩散,这是此类防护方式的优势。但是其缺点:部分正常程序的行为可能被辨识为可疑动作。此外,决定应用程序是否具有恶意,尚需要使用者输入,这代表使用者必须具备足够的知识。现存的主动防御技术本身不足以确保高恶意程序的检测率,此外,较高的检测率也伴随着较高的误判率。用户行为的识别就成为整个策略在实现上的一个关键,也是一个难点。

3 行为模式识别及实验方案

3.1 行为模式识别

该技术的主要思想是,搜集大量已知类型的训练样本,从中提取出特征,并利用这些特征值构造出一个分类器,这个分类器就可以对未知类型的样本进行分类。

根据这个思想,需要收集病毒样本,然后通过监控获取其程序执行行为报告,同时对于用户的正常操作也截获类似的报告。

3.2 实验方案

恶意程序一般会表现出与正常程序不同的行为特点,比如修改注册表、创建进程或禁用系统服务等。虚拟执行技术可以通过程序的动态执行获取其执行信息,并广泛应用到病毒防治领域。虚报执行技术的工作原理是通过虚报执行的方法查杀病毒,可以对付加密、变形及病毒生产机的病毒。例如HOOKING是一种基础技术,可以控制一段代码的执行。它提供了一个直截了当的机制,能够在不知道源码的情况下,轻易的改变系统行为或者是第3方软件。从虚拟执行环境中截获程序的执行行为即行为监测技术。行为监测过程可以获取程序执行行为报告。

主动防御技术检测系统的基本框架共分三部分:分别为系统框架、分析器构造、未知病毒检测。

样本收集器的作用是收集病毒样本,虚拟执行环境模块的作用是获取程序行为,生成报告。行为分析器的作用有两个:

一是对训练样本虚拟执行后生成的报告进行分析,生成分类器;二是对测试样本虚拟执行后生成的报告进行分析,生成检测报告。

实验步骤如下:

(1)收集病毒样本并打上标签;(2)监测训练样本行为;(3)监测测试样本行为,并进行行为分析,得到分类准确率。

4 结束语

本文在病毒主动防御技术的启发下,在已有病毒行为分析和模式识别技术的基础上,提出了针对用户行为模式的病毒防御策略,并将此策略在以病毒行为分析算法为核心的病毒检测系统进行测试。实验表明,该策略的应用能够使病毒检测系统作出比较准确的判断,通过用户行为模式对病毒实施主动防御的方法是可行的。

参考文献

[1]谈文明.病毒防治技术的前沿地带[Z].

[2]曹骞.大型分布式管理信息系统的安全问题研究[J].计算机应用研究,2007.

[3]李辉,管晓宏.基于支持向量机的网络入侵检测[J].计算机研究与发展.

手足口病新型抗病毒药物的研究进展 篇8

目前尚没有公认的手足口病特效治疗药物, 临床常使用阿昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦、利巴韦林等常规抗病毒药物, 并结合板蓝根、注射用双黄连、清开灵冲剂等具有清热、解毒、退热疗效的中药制剂, 用于手足口病治疗, 研发特异性治疗药物已迫在眉睫。伴随着病毒基因组学、蛋白质组学的快速发展, 基于分子靶标水平研发新型手足口病抗病毒药物进入了一个新的时代, 部分药物已进入Ⅱ、Ⅲ期临床试验阶段。

1 病原病毒的分子生物学特征

柯萨病毒 (CoxA和CoxB) 、埃可病毒和新肠道病毒等病原均隶属于小RNA 病毒科, 尽管种类繁多、型别各异, 但均具有相似的理化生物学特性:病毒颗粒极小, 直径20~30 nm, 呈二十面体立体对称球形结构。

肠道病毒71型 (EV71) 是其中一类研究较为透彻的病毒, 基因组长度约为7500bp, 仅有一个开放阅读框, 在其两侧为5′和3′非编码区[5]。开放阅读框首先编码一个约2 190个氨基酸的多聚蛋白, 多聚蛋白进一步被水解成P1、P2和P3三个前体蛋白。前体蛋白P2 和P3降解成七个非结构蛋白:包括2A (特异性蛋白水解酶) 、2B、2C、3A、VPg (5′蛋白水解酶) 、3C (特异性蛋白水解酶) 、3D (RNA聚合酶组分) 。其中2A蛋白水解酶在P1前体蛋白的N末端位点进行剪切, 将P1蛋白从多聚蛋白中解离下来;3C蛋白水解酶进一步将P1前体蛋白剪切成VP1 、VP2 、VP0 (VP3 和VP4) 等病毒外壳蛋白[5]。病毒颗粒衣壳包括60个亚单位, 分别由4种衣壳蛋白拼装成五聚体样结构。VP4 被包埋在病毒粒子外壳的内侧与病毒核心紧密连接, 其它三种结构蛋白均暴露在病毒颗粒的表面[6,7]。

2 新型

HFMD药物的研究策略

目前新型药物研发主要基于以下两个方面: (1) 针对病毒复制循环中的某个特定步骤及分子靶标, 研发特异性、高效的新型先导化合物。包括:病毒吸附及脱壳, 病毒蛋白翻译、多聚蛋白剪切、病毒RNA复制、病毒组装等; (2) 对现有抗病毒复合物的修饰, 以期达到更好的抗病毒效果。

2.1 基于病毒壳体蛋白的药物研发

研发思路主要是:设计化合物、与病毒壳体蛋白VP1中心的疏水性口袋结合, 阻碍病毒吸附或脱壳过程, 进而抑制病毒复制。普来可那立 (Pleconaril) 可显著减少肠道病毒引发的细胞病变, 不仅对肠道病毒原型株有效, 对215例临床分离株也表现出很强的效应, 临床实验表明Pleconari可显著减少感冒患者的持续时间和严重程度。但Pleconari对EV71无明显抑制效果, 该药用于感冒治疗的申请未通过FDA的批准。目前, 正在探讨Pleconari鼻腔喷雾剂在肠病毒感染引发的感冒及哮喘中的治疗效果, 相关Ⅱ临床研究已经完成[2]。

基于眯唑啉酮的骨架结构, 以Pleconari为模板, 利用计算机辅助药物设计的方法, 最新研发了一系列眯唑啉酮吡啶基化衍生物, 这些衍生物对EV71等肠道病毒表现出很强的抗病毒效果。研究发现一类衍生物1-[5 (40-溴苯) 戊基]-3- (4-吡啶) -2-眯唑啉酮 (BPR0Z-194) 抗EV71病毒效果明显, 以VP1蛋白作为分子靶标, VP1蛋白192位的缬氨酸突变为甲硫氨酸可使病毒表现出对BPR0Z-194的耐受性, 表明以病毒壳体蛋白为靶点研发的这类化合物的抗病毒活性与其结合到VP1疏水性口袋的能力息息相关[8]。

2.2 以病毒RNA复制为靶点的药物设计

肠道病毒RNA复制过程涉及很多病毒蛋白, 包括2B、2C、3A、3D等, 这些蛋白已成为药物研发的新分子靶点。

3A蛋白构成病毒RNA复制机的骨架结构, 在肠病毒科中高度保守, 恩韦肟 [2-氨基-1- (异丙基磺酰) -6-苯并咪唑二苯 (甲) 酮肟]是一类苯并咪唑衍生物, 体外实验研究表明可有效抑制肠道病毒, 对11种EV70及15种CoxA24 临床分离株的50% CPE (细胞病变效应) 抑制浓度 (ID50) 为0.01~0.65 mg/L。目前正对恩韦肟进行进一步的乙烯乙炔化和C2化, 以期产生具有更好生物利用度和药理学效应的衍生物, 实验表明乙烯乙炔化的恩韦肟衍生物12经口服途径给药, 对CoxA21感染的小鼠具有非常有效的治疗效果[9]。

3D RNA聚合酶是药物研发的另一重要靶点。核苷类似物通过增强RNA病毒的突变频率导致病毒错误突变、降低病毒存活率。利巴韦林 (ribavirin) 就是其中一类核苷类抗病毒药, 抑制病毒的RNA复制作用, 目前在临床上已广泛应用于手足口病的治疗[10], 但该药可致白细胞减少和贫血, 大剂量应用可损害心肌, 对有呼吸道疾病 (慢性阻塞性肺疾病或哮喘) 患者可致呼吸困难、胸痛等不良反应。目前正在对利巴韦林、胞二磷胆碱、嘌呤类似物等核苷类似物进行进一步修饰, Harki DA等合成的5-取代胞二磷胆碱衍生物具有强于利巴韦林的抗病毒效果。除了核苷类似物, 其他以RNA聚合酶为靶点的新型抑制剂也在不断研发中, 盐酸阿米洛利通过阻碍细胞铁转运系统、抑制柯萨奇病毒RNA的复制[9];吡唑并[3, 4-d]嘧啶是一类新型的EV71抑制剂, 以EV71病毒的RNA聚合酶为药物分子靶点, 并对其他肠道病毒具有广谱的抗病毒效果[11]。

2.3 以病毒蛋白酶为靶点的药物研发

病毒蛋白酶2A和3C参与肠道病毒多蛋白加工, 是抗病毒药物设计的良好靶点。目前针对3C蛋白酶靶点的药物研发思路主要包含多肽类及非多肽类蛋白酶抑制剂两个方面。多肽类抑制剂方面可通过对3C蛋白酶底物进行修饰, 以增强3C蛋白酶抑制剂的抗病毒活性。将3C蛋白酶抑制剂上的酰胺羰基基团替换为吸电子基团Michael受体, 可造成3C 蛋白酶与其抑制剂之间不可逆的共价结合, 从而大大增强抗病毒活性。芦平曲韦 (AG7088) 就是其中一类修饰后的抑制剂, 对柯萨奇病毒A21、柯萨奇病毒B3、EV70等肠道病毒都具有非常强的抗病毒活性, 在肠道病毒感染患者的治疗方面已有成功的案例[12], 但芦平曲韦不能降低病毒滴度, 相关临床实验已经终止。目前, 高通量细胞水平上的EV71 3C蛋白酶抑制剂筛选平台已经建立, 将大大加快药物研发的脚步。

此外, 针对在病毒翻译、RNA合成中发挥重要作用的RNA 5′非翻译区也研发了一些先导化合物。反义的磷硫酰DNA对柯萨奇病毒B3 (CoxB3) 具有较强的抑制作用;多肽类磷硫酰吗啉代聚合物 (PMOs) EnteroX以5′非翻译区的内核糖体进入位点为靶点, 对临床柯萨奇病毒B2 (CoxB2) 分离株具有良好的抗病毒效果[13]。

3 讨论

目前手足口病抗病毒药物研发已经取得了可喜的进展, 但尚无药物经过FDA批准, 新型特异性药物的成功开发还需要一段很长的路。伴随着系统生物学、药物蛋白质组学等生物医药领域的迅猛发展, EV71等肠道病毒基因组结构的详细阐释、病毒蛋白三级结构 (如3C蛋白水解酶晶体结构[7]) 的不断揭示为新型抗病毒药物的研发提供了更多的特异性、安全性的药物分子靶标, 势必会推动药物开发的进程。此外系统性的审视手足口病疾病模型, 多角度、多靶点的进行药物研发, 各靶点协同效应可达到最佳的抗病毒效果。

在此基础上, 更好的利用计算机辅助药物设计的方法, 借助计算机更好的进行多学科前沿领域的交叉、辅助设计技术与合理药物设计过程, 将节省新药研发工作的人力、物力、财力, 大大加快研制新药的速度[14]。

摘要:手足口病已成为全球范围严重的公共卫生问题, 致病源EV71等肠道病毒基因不断进化, 而与之对应的却是有效抗病毒药物的缺乏, 研制新型手足口病治疗药物已迫在眉睫。综述基于病毒壳体蛋白、病毒RNA复制、病毒蛋白酶等分子靶点的新型手足口病抗病毒药物的研究、开发进展。

新型病毒 篇9

泗水艾尔朗加大学禽流感研究中心主任尼敦表示, “不同于鸡类, 鸭子喜欢漂浮在水上, 病毒可能顺河水传播数百公里”。另外, 新型H5N1病毒的死亡率同该病毒以往类型一样高。

印尼国会主管卫生的第九委员会副主席诺瓦·莉扬蒂·优素福表示, “新型禽流感病毒属于H5N1-2.3.2型, 它的发病机理和致死很多人的2.3.1型同样危险”。

禽流感的爆发引起许多病毒学家和医疗专家们的严重关切。不过暂时这些病毒还没有通过空气飞沫在人和人之间开始传播, 也没有形成流行病的危险。另外, 据印尼农业部畜牧业总司长表示, 已研制出一种抗新病毒的疫苗, 2月前计划生产2 500万剂疫苗, 将免费派发给市民。目前新病毒主要在爪哇岛中部及东部肆虐, 为抑制病毒继续蔓延, 政府正在大规模销毁感染禽类加强检疫措施。

新型病毒 篇10

1 资料与方法

1.1 一般资料

本组资料数据来源为本院2011年4月~2013年12月呼吸科收治的明确诊断为新型布尼亚病毒感染的21例患者。其中男17例, 女4例, 年龄48~75岁。所有患者均经血清新型布尼亚病毒RNA检测阳性而确诊。

1.2 研究方法

对确诊的21例新型布尼亚病毒感染患者的临床资料包括基础疾病、临床表现、实验室检查、治疗及转归等进行回顾性总结分析。

2 结果

2.1 临床表现

21例患者均有发热, 其中高热 (>39.0℃) 20例, 中等度热 (38.0~38.9℃) 1例, 低热 (<38.0℃) 0例。恶心、呕吐12例 (57.1%) , 腹泻6例 (28.6%) , 周身乏力、酸痛19例 (90.5%) , 神志改变11例 (52.4%) , 皮肤黏膜出血7例 (33.3%) 。

2.2实验室检查外周血的检测中, 21例患者均有血小板的减低, 其中低于30×109/L者9例 (42.9%) 。外周血白细胞总数升高0例, 正常1例, 减低20例。淋巴细胞总数升高2例, 正常9例, 减低10例。生化检查中, 谷丙转氨酶 (ALT) 、谷草转氨酶 (AST) 、谷氨酰转肽酶 (GGT) 升高的21例, 其中20例三项指标均升高, 肌酸激酶 (CK) 、乳酸脱氢酶 (LDH) 升高21例。

2.3 影像学表现肺部影像异常0例, 神经系统影像学检查 (包括CT和MRI) 7例异常。

2.4 治疗和转归

所有患者中有基础疾病者8例。患者应用的治疗方案中, 应用抗生素21例, 其中β-内酰胺类11例, 喹诺酮类10例, 大环内酯类0例, 其他种类抗生素0例。应用抗病毒药物21例, 其中阿昔洛韦19例, 更昔洛韦2例。应用中成制剂抗病毒21例, 其中痰热清17例, 炎琥宁3例, 血必净1例。应用糖皮质激素2例, 甲泼尼龙平均计量40 mg/d。患者临床症状稳定时间 (体温下降恢复正常, 一般状况好转) 2~7 d, 平均3.2 d, 实验室指标好转或者恢复正常时间3~8 d, 平均3.8 d。经过多种药物的综合治疗, 19例患者好转或痊愈出院, 2例病情恶化放弃继续治疗。

3 讨论

新型布尼亚病毒的诊断需要根据流行病学史 (流行季节, 在丘陵、林区、山地等地工作、生活或者旅游等, 或在发病前2周有被蜱虫叮咬史) 。疑似病例具备上诉流行病学史、发热等临床表现且外周血血小板及白细胞降低。疑似病例具备下列之一者可以确诊:①病例标本新型布尼亚病毒核酸检测阳性;②病例标本检测新型布尼亚病毒Ig G抗体阳性或者恢复期血清滴度较急性期4倍以上增高者;③病例标本分离到新型布尼亚病毒[2]。本病尚无特异性治疗手段, 主要为对症支持治疗。体外实验结果提示利巴韦林对病毒有抑制作用, 临床上可以试用。继发细菌感染者可以选择敏感抗生素治疗。目前尚无证据证明糖皮质激素的治疗效果, 应当慎重使用。在确诊的病例中包括一起家庭聚集性疫情。实验室检测证实为新型布尼亚病毒感染的4名同一家庭成员有密切接触后先后发病[3]。

在本院确诊的病例中男性患者占大多数, 考虑可能与男性患者从事野外的劳作较女性多, 接触蚊虫叮咬的机会比较大。且发病患者年龄均为壮年及老年人, 未见到青少年患者, 与目前农村劳动力的主要年龄构成呈明显相关。其他地区的流行病学调查显示:病例也大多来自山区和丘陵地区农村, 以中老年男性农民为主, 患者发病时间相对集中在6~10月;差不多一半病例发病前有明确的蜱虫叮咬史。

目前新型布尼亚病毒感染的治疗以支持对症为主, 没有确切疗效的抗病毒药物指导临床, 值得关注的是中成药物的制剂比如痰热清等在临床观察中取得了良好的效果。因病例数量少, 且缺乏明确的对照病例, 尚不能完全确定药物在抗布尼亚病毒治疗中的作用, 具体的抗病毒机制也需进一步研究。所有患者中出现精神症状、神志改变的患者比例超过50%, 提示病毒累及中枢神经系统, 有嗜神经系统倾向。上诉病例中大部分进行了颅脑影像学检查, 中枢神经系统的影像学检查未见到特异性改变, 但是一旦患者出现继发癫痫表现, 往往预示患者病情重, 治疗效果差, 死亡率明显较未出现神经系统症状者增高。因本院重症患者多收治ICU病房, 本文中病例统计为普通病区收治的患者, 故危重患者比例偏低。在其他地区的关于布尼亚病毒感染的病例报道中, 重症患者比例明显增高。本文统计的所有病例都出现了肝功能损害及血液系统的改变, 是病毒感染的全身炎症反应的局部表现, 但是对肝脏及血液系统损耗更明显、更普遍, 经过保肝降酶治疗后肝功能均能恢复到正常范围, 肝脏影像学检查未见到异常改变。血象经过治疗也均可恢复到正常水平。

人感染新型布尼亚病毒病例发病初期临床症状多为感冒且症状不典型, 发病有明显地域特征, 散发病例多见, 动物及媒介蜱在新型布尼亚病毒传染给人的过程中起着重要作用, 但不排除人与人传播的可能。早起诊断及治疗对疾病的预后有重要作用。

摘要:目的 分析新型布尼亚病毒感染病例的临床特点。方法 对确诊的新型布尼亚病毒感染的21例患者临床资料进行回顾性分析。结果 21例患者均有发热和血小板减少以及肝功能损害。给予对症支持, 保护脏器功能, 抗病毒, 抗细菌, 糖皮质激素等治疗。19例好转或痊愈出院, 2例放弃治疗。结论 新型布尼亚病毒感染多发于中老年, 症状重, 体征轻, 血清学实验室检查有明显改变, 应给予早期诊断, 早期治疗, 大多数患者可经过积极的综合性治疗而好转或痊愈。

关键词:新型布尼亚病毒,发热,血小板,临床分析

参考文献

[1]Pepin M, Bouloy M, Bird BH, et al.Rift Valley fever virus (Bunyavi ridae:Phlebovirus) :an update on pathogenesis, molecular epide miology, vectors, diagnostics and prevention.Vet Res, 2010, 41 (6) :61.

[2]中华人民共和国卫生部.发热伴血小板减少综合征防治指南 (2010版) .中华临床感染病杂志, 2011, 4 (4) :150-151.

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