基因分型（精选九篇）
基因分型 篇1
在北美和欧洲大多数从人类和动物中分离的弓形虫被PCR-限制性片段长度多态性 (RFLP) 和微卫星分型的多位点酶电泳分为三种无性系[4,5,6]。即使这三个基因型之间的基因组序列水平差异小于1%, 它们在小鼠试验中有显著的不同毒力表型, 远系繁殖的小鼠在LD100=1时感染I型虫株均会致死;相反, II型和III虫株毒性显著较弱与致死剂量在LD≥103[7]。有研究报道, 在人类弓形虫病患者中先天性眼病常常和基于一个标记在SAG2基因的I型虫株相关[8,9]。但是, 遗传标记具有有限的可靠性来区分寄生虫株, 我们必须谨慎对待这些研究的解释。对于这些弓形虫的分离, 由于他们具有相同的遗传背景, 对于那些属于同一克隆谱系的弓形虫, 从一个代表获得的生物信息可以成功地预测其他 (高连锁不平衡) 。对于具有不同的基因构成, 尤其当群体频繁的发生遗传杂交时, 可能同样不适用于弓形虫虫株。在这种情况下, 有低的连锁不平衡和基因的关联性时表型被减弱。苏春雷等[10]通过琼脂糖凝胶电泳研发了9种PCR-RFLP标记, 在一个限制性内切酶反应中每个标记都能够区分这三个等位基因, 使用这些标记不同来源的基因型结果表明, 这些标记可以很容易地从非克隆类型分辨出克隆型并可以揭示具有类似DNA测序分辨率寄生虫的遗传多样性。
弓形虫不同虫株基因组之间存在微小差异, 但对于小鼠的急性毒力却存在很大差异, 推测毒力差异可能与弓形虫基因型有关[11,12], 不同基因型的弓形虫株对药物的敏感性也不同[13]。弓形虫株基因分型对弓形虫的防治及其流行病学特征研究有着重要的意义。本文将对弓形虫基因型鉴定的研究进展进行讨论分析。
1 基因型分析方法
1.1限制性片断长度多态性分析SIBLEY等[14]应用RFLP分析28株来自五大洲不同宿主的弓形虫, 将弓形虫株分为强毒株和弱毒株两个株群, 并认为强毒株来自于同一个单无性世系, 弱毒株却具有不同的基因型, 表明尽管经过全球广泛的传播和有性循环, 由同一无性系起源的强毒株保持着遗传学上的同一性。LITERAK等[15]用Sal I和Pst I两种限制性内切酶对22株弓形虫进行RFLP分析, 并结合动物试验进行毒力鉴定分析, 研究此地域的弓形虫流行情况及虫株间毒力、致病性等。结果也是将弓形虫株分为强弱两个株群, 其中3株为强毒株, 其余19株为弱毒株, 更进一步验证了SIBLEY的研究。
1.2随机扩增多态性DNA分析随机扩增多态性DNA (RAPD) 是建立在PCR技术上的一种分子标记方法, 它用随机的短脱氧核苷酸序列作引物, 对基因组DNA进行扩增而显示多态性片段。与常规PCR相比, RAPD技术无需设计特定引物, 技术上简便、快速、成本低、无放射性污染, 并且样品用量少, 可对整个基因组作变异研究。GUO等[16]用18条随机引物对35株弓形虫进行RAPD分析, 找出了4个能扩增强、弱毒株各自特异片段的特异引物, 用不同的系统学方法建立的种内遗传关系图是一致的, 将这35株分成与毒力相关的两个无性世系:17个强毒株和18个弱毒株。通过各虫株间的遗传距离计算发现系间的遗传多样性显著高于系内, 进一步支持了弓形虫可根据毒力强弱分成两个无性世系的假说。
1.3多位点PCR-RFLP分析聚合酶链式反应连接的限制性片段长度多态性方法 (PCR-RFLP) 是对传统RFLP的一种改进方法, 它采用PCR技术扩增出一段特定的DNA序列, 再由限制性内切酶图谱分析此段序列的特异切位, 进而通过片段的多样性判定不同来源基因序列的差异性。该方法需要样品量少, 样品纯度要求不高, 并可快速、大量分析遗传基因型态, 因而近年来被大量用于弓形虫DNA多态性分析中。HOWE和SIBLEY[17]采用六位点的PCR-RFLP方法调查分析106个来自北美和欧洲西部的弓形虫分离株标记物。SAG3需要标记Nci来区分这三个典型的等位基因[18]。GRA6只需要根据原始数据Mse I标记和PCR引物设计它的DNA序列信息[19]。
DUBEY等[20]对来自中美洲哥斯达黎加分离自鸡的32株弓形虫株在SAG1、SAG2、SAG3、BTUB和GRA6五个位点进行PCR-RFLP分析, 5株属于基因型I, 1株属于基因型Ⅲ, 其余有26株属基因型I和Ⅱ或I和Ⅲ的混合感染, 并未发现基因型Ⅱ。在此之前DUBEY等[21,22,23]用弓形虫SAG2基因进行PCR-RFLP对巴西、哥伦比亚等地鸡源弓形虫的分析中, 也未发现基因Ⅱ型, 但却从埃及鸡体内分离到了基因Ⅱ型弓形虫。以上的结果说明, 宿主相同但来自不同地域的弓形虫其基因型分布也有所不同, 但巴西、哥伦比亚和哥斯达黎加基因Ⅱ型弓形虫株的缺失, 却是一个值得关注的现象。
1.4 DNA序列分析DNA序列分析是研究弓形虫基因多态性最精确的分子生物学方法之一。FAZAELI等[24]对弓形虫GRA6基因的690 bp编码片段进行分析, 认为GRA6基因编码的序列同其他由GRA1、GRA2和GRA4编码的序列相比相对更具有多态性, 同时它与hsp70基因的多态性也是可以进行比较的。Hsp70基因在毒力株中的表达显著高于弱毒株, 对其进行的序列分析表明毒力株 (RH) 3′末端出现了4个代表7个氨基酸重复序列的拷贝, 而弱毒株 (ME49) 是5个拷贝[25]。基因中没有编码的区域相对于保守编码的外显子通常更具多态性。BINAS等[26]对DNA聚合酶α基因的625 bp的内含子进行序列分析, 进而鉴定10株属于两个不同世系的弓形虫虫株结果证明是有毒力的。
1.5微微卫卫星星DNA序列分析弓形虫的种群结构的进一步研究是基于微卫星的序列分析。微卫星序列分析即2~6个核苷酸的短串联重复分析。它们的多态性是由等位基因的不同重复数量导致的多种长度。这些序列高度多态性, 因而对基因分型和流行病学调查很有意义。为了分析弓形虫的分离株, AJZENBERG等[27]选取了8个特异的微卫星序列对84个人和动物分离的弓形虫虫株进行分析。所有的分离株主要聚集在两个世系, 第一个世系是包括毒力株在内的分离株, 第二个世系有多个种类, 不仅包括无毒株, 还包括一些同工酶分析非典型的及基于SAG2的PCR-RFLP鉴定为基因I型的虫株。
2 讨论
弓形虫基因型研究始于1992年, Sibley等[28]对分离自五大洲不同宿主的28株弓形虫进行研究, 发现弓形虫不同分离株对小鼠的致病性有所不同, 根据这一现象将弓形虫分为强毒株和弱毒株, 并认为强毒株来自于同一个克隆世系。随后, Howe等[29]运用PCR-RFLP方法对106株来自北美和欧洲西部的弓形虫分离株进行分析, 结果显示所有的分离株有3个基因型 (I、II、III型) , 发现有4个分离株表现为基因I型与基因Ⅲ型或者基因Ⅱ型与基因Ⅲ型的重组基因型, 从人样本分离的弓形虫虫株大多数属于基因II型。Howe等[30]的基因分型结果成为后来研究弓形虫基因型的标准和参考, 弓形虫标准基因型株从此就得以确立。随着科学技术研究的进一步的发展, 除了标准基因型以外, 越来越多的重组或非典型基因型被发现[31]。Mercier等[32]在法属圭亚那地区调查研究人类对弓形虫基因多态性的影响时, 在免疫功能正常的人群中发现了由非典型基因型弓形虫虫株所导致的严重弓形虫疾病, 这类弓形虫主要是在热带雨林地区循环出现, 其基因多态性比在人体中常见的弓形虫株要丰富许多。通过研究对比发现, 在人群出没的环境弓形虫株之间基因多态性较小, 而在野生环境中循环的弓形虫株之间基因多态性丰富, 在遗传方面, 两种环境中的弓形虫有着极大的不同。在人群出没的环境与野生环境地区相交融的地方, 发现在人群出没的环境与野生环境弓中形虫之间有着潜在的相互渗透和基因相互交换的现象, 高致病性的野生弓形虫株可能与其他弓形虫株杂交, 从而导致弓形虫株的致病性提高, 基因差异越来越大, 非典型基因型虫株增多。
随着以PCR为主的核酸扩增技术的发展, 以及其他更多扩增技术的出现, 将会有越来越多的技术应用到弓形虫的基因型分析研究中。在弓形虫的基因分型研究中, 选择多位点基因的同时扩增分析可以减少基因分型研究结果的差异, 从而更好地区分一些稀有基因型。相信随着基因型研究的进一步深入, 将会有更多的基因型被发现, 不同弓形虫基因型致病性以及对药物的敏感性等方面的差异将会得到进一步研究。
摘要：弓形虫可感染多种动物引起严重的弓形虫病, 为了对不同宿主感染的弓形虫株基因型差异及不同基因型弓形虫虫株的致病力差异进行进一步研究, 弓形虫基因型的分析多采用限制性片段长度多态性PCR (PCRRFLP) 、随机扩增多态性DNA、多位点PCR-RFLP分析、DNA序列分析和微卫星DNA序列分析等技术, 扩增位点多选择SAG1、SAG2、SAG3、BTUB和GRA6等遗传标记。传统的弓形虫基因型主要有3个, 随着基因型研究的不断深入, 越来越多的基因型被发现。本文就弓形虫基因分型研究进展进行讨论分析。
基因分型 篇2
仍将是法医应用的重要遗传标记。等位基因分型标准物是str检测试剂盒的组成部分，能够保证各等位基因分型的准确性。本文对
等位基因分型标准物的出现、在法庭科学上的应用以及目前制备方法
进行了综述，并对各种制备方法进行比较，以期对各实验室按
照实际需要自行制备相关str的等位基因分型标准物在方法选择上有所帮助，从而更好地进行法医物证鉴定。
【关键词】短串联重复序列；等位基因分型标准物；法医学应用
【中图分类号】q78
【文献标识码】a
【文章编号】1007—9297(2005 j03—0231—0
4study on the forensic applications and the construction of allehc ladder．yuan li，lu di．(beijing institute offorensic medicine and
science，beijing]ooo4o,china)
【abstact】 shoa tandem repeats(strs)ale important genetic markers and widely used in forensic community because of theirs
characteristics and advanced examine techniques． allelic ladder is importan t part of str kit and ensure the precise genotype of allelic．
this article states the appearance an d forensic application of allelic ladder，and also study on the methods of construction of allelic ladder
currently、through the comparisons of those construction methods，this issue to be solved the laboratory to select which method to construc—
tion allelic ladder according its needs and condition and to make the most of the forensic judge．
【keywords l short tandem repeats；allelic ladder；forensic application
一、等位基因分型标准物的出现
pcr—str分型技术具有高效、快速、灵敏等优点，在个人识别、亲子鉴定、基因绘图上发挥了重要作
用．【l】已经成为法医物证鉴定的主流技术。虽然单核苷
酸多态性(single nucleotide polymorphism，即snp)
被广泛称为第三代dna遗传标记，但由于其成本高，实际操作困难等．推广使用还需要很长一段时间。目
前和今后相当长的时期内str仍是主要使用的遗传
标记。
当使用以pcr为基础的str多态性的分析技术
时。为了各基因座的等位基因命名，需要一个能比对的标准物。早先测试str的等位基因命名曾采用片断
长度bp值方法，是与已知分子量标准物同步电泳并
进行比较。这种分子量标准物虽然在本质上也是
dna 但经多次实验发现这种方法存在较严重的缺
陷：相同分子量的dna片段和分子量标准在同一介
质电泳时会出截然不同迁移率的条带。【31 dna在介质
中的电泳迁移率在其他条件相同的情况下不仅与其
分子量有关，还受dna 自身的序列结构影响。序列不
同的dna片断在电泳动力学上存在差异，即使片断
长度相同．它们的电泳迁移率却不一致。这样就不能
准确进行str分型。
最早记载有等位基因分型标准物的是budowle
等[41建立的。他们从100名无关个体中找出d1s80的16个等位基因．经测序命名后把它们混合作为“lad．
der”．检测未知样品时．只需与该基因座的“ladder”比
较即可得出这个基因座的基因型．当时用的是聚丙烯
酰胺凝胶电泳分离和银染显色。这种检测方法与在此
基因分型 篇3
刘士敬
使用干扰治疗乙肝，是目前临床常规的治疗方案。但是，并非每个乙肝患者都适合使用干扰素治疗，应当引起医生和患者的注意。
一般来说，高度黄疸、晚期肝硬化及合并有高血压、糖尿病、肾病的乙肝患者不能使用干扰素。然而，有时一些乙肝患者从一般情况看，非常适用于干扰素治疗，例如转氨酶升高、乙肝病毒大三阳和DNA阳性，肝功能处于良好的代偿阶段，也没有乙肝家族史，可以说是理想的干扰素治疗适应症。在这种情况下，我们满怀希望地给乙肝患者使用了干扰素，但1个疗程下来，患者的疗效并不理想，令医生和患者大失所望。为什么会这样?
最新的研究成果揭开了这个谜底，原来是乙肝病毒基因在作怪。研究发现，每个国家和地区的乙肝患者身体内潜藏的乙肝病毒有着不同的基因分型，有些病毒基因型使用干扰素治疗，比较容易获得满意的治疗效果；有些病毒基因型则相反，很难取得理想的治疗效果。乙肝病毒可以分为8个基因型，分别命名为A～H。我国的乙肝患者基因分型主要为A、B、C、D四个型别，其中B和c基因型为优势基因型，分别占30％和60％。D型基因主要分布在新疆地区。不同的基因分型有着不同的临床意义，一般来说，A型基因预后较好，治疗应答率较高；B型治疗效果和预后要比C型好，C型治疗应答率最低，疗效不好，病情容易重症化，预后不良。
以普通干扰素a治疗为例，如果是B型基因的乙肝患者，治疗有效应答率为41％(即乙肝病毒DNA和e抗原转阴)；而对于c型基因的乙肝患者，有效应答率只有15％。如果使用最新的长效干扰素(聚乙二醇化干扰素)治疗不同基因型的乙肝患者，也有不同的治疗有效应答率。治疗A型基因的乙肝患者，乙肝病毒e抗原血清转换率为47％，B型基因为44％，c型基因为28％，D型基因仅为25％。
也就是说。如果我们用干扰素治疗乙肝患者前，先对患者的乙肝病毒基因分型进行一次检查，就可以预测到远期治疗效果。这是非常重要的措施，比如说一个乙肝患者经过化验检查，提示为c型基因，如果我们为其使用普通干扰素Q进行治疗，有效应答率只有15％；即便使用最新的长效干扰素治疗，有效应答率也只有28％。像这种情况，最好选择其他治疗药物和治疗方案，不要硬着头皮蛮干。使用1个疗程(半年)的普通干扰素a，要花费7000余元人民币，使用长效干扰素则需要30000余元。这是一笔不小的开支，而且极有可能是赔了夫人又折兵。所以，在决定是否使用干扰素治疗乙肝之前，最好先做一次乙肝病毒基因分型检查，作为确定治疗方案的可靠依据。
“肝炎病毒携带者”并不健康
伏新顺
按照以往的医学观点，把肝功能正常的慢性乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)阳性者和慢性丙肝病毒抗体阳性者称为“健康携带者”。他们的血清抗原持续阳性6个月以上，没有肝炎病史和明显的症状体征，肝功能化验正常或基本正常。对这些患者往往采取观察、等待的做法，不主张用药治疗，在临床上，这类人群占相当数量。尽管大部分人可以照常生活、学习和工作，而且少数人随着机体免疫力的增强，可以发生乙肝表面抗原自然转阴。但他们并不是真正意义上的“健康人”，乙肝、丙肝病毒在肝细胞中可持续存在数年、数十年，甚至终生，并且有病毒复制和传染他人的可能。
随着医学的发展，通过肝脏穿刺病理检查，发现一部分乙肝表面抗原携带者和丙肝病毒携带者的肝组织中存在不同程度的炎症和纤维化。其中丙肝病毒携带者80％以上存在这种病理变化。因此，“健康携带者”这一名词，逐渐被“无症状慢性乙型或丙型肝炎病毒感染者(或携带者)”所取代。临床上相当一部分肝硬化病人无明显的乙肝或丙肝病史，是由“无症状肝炎病毒携带者”发展而来。他们平时的症状和体征不明显，也未注意定期复查，若干年后进行体检，或者症状、体征明显时才进行检查，此时已经发展成了肝硬化。由此可见，无论是“健康携带者”，还是“无症状肝炎病毒携带者”，他们都不健康，是介于肝炎现症病人和正常人之间的一种情况。
地中海贫血诊断与基因分型 篇4
1 检测方法
1.1 血液学检查:
自动细胞分析仪检测血红蛋白(Hb)、平均红细胞容积(MCV)、平均红细胞血红蛋白(MCH)及红细胞脆性试验。
1.2 HbA 2电泳测定
应用法国希比亚电泳分析仪检测血红蛋白(HbA 2)含量。
1.3 分子生物学分析
采用聚合酶链反应(PCR)技术及基因芯片技术检测。
2 地中海贫血分型
2.1 重型β地中海贫血
Hb<60g/L,镜检呈小细胞低血红蛋白贫血,红细胞形态、大小不均,有靶形及碎片,网织红增多,出现有核红细胞。骨髓中红细胞系统极度增生。HbF达30%～90%。HbA明显减少或0。HbF占10%～90%,遗传学:双亲均为β性贫血。珠蛋白链体外合成速率显示β/α降低至0～0.3;基因呈突变类型。重症β地中海贫血表现为严重溶血性贫血,肝脾肿大,患者未到成年已夭折[3]。
2.2 中间型β地中海贫血
Hb:60～100g/L,成熟红细胞与重型相似,网织红细胞增多,偶见有核红细胞,HbF>3.5%。遗传学:父母均为β性贫血。珠蛋白链体外合成速率显示β/α降低,基因呈突变类型。
2.3 轻型β地中海贫血
Hb>100g/L,血中可有靶形红细胞,红细胞轻度大小不均。MCV<79fl,MCH<27pg,红细胞脆性试验阳性,HbA 2>3.5%或正常,HbF正常或轻度增加(不超过5%)。遗传学:父母一方或双方为β珠蛋白生成障碍性贫血。基因分析:β珠蛋白基因突变。
2.4 静止型β地中海贫血
Hb正常,MCV、MCH和红细胞脆性试验常降低,网织红细胞正常。HbA 2>3.5%或正常,HbF正常或轻度增加,遗传学:父母一方或双方为β性贫血。β珠蛋白基因突变[4]。
2.5 重型α地中海贫血(血红蛋白Bart's胎儿水肿综合征)
红细胞中心浅染,形态、大小不均,有核红细胞及靶形红细胞增多。电泳:HbBart's成分>70%,少量HbPortland,可出现微量HbH。遗传学:胎儿双亲均为α0珠蛋白基因携带者。基因分析:缺失4个α珠蛋白基因,基因型为(--/--)。重症地中海贫血可导致死产、死胎,影响孕妇健康[3]。
2.6 中间型α地中海贫血(HbH病)
轻度至中度贫血,红细胞形态同重型β地中海贫血所见,红细胞内可见包涵体。骨髓中红细胞系统增生极度活跃。血红蛋白电泳出现HbH区带,HbH成分占5%～30%,可见少量HbBart's,非缺失型HbH病出现微量HbConstantSpring。遗传学:父母均有α珠蛋白基因缺陷。珠蛋白链合成速率测定α/β比值<0.5,基因类型分析为(--/-α)、(--/ααT)。
2.7 轻型α地中海贫血
红细胞有形态改变,可见靶形红细胞,Hb降低或正常,MCV<79fl,MCH<27pg,Hb电泳正常。出生时HbBart's成分占2%～10%,但很快消失。遗传学:父母双方或一方有α珠蛋白基因缺陷。基因型可为(--/αα)、(-α/-α)、(-α/ααΣ)、(ααΣ/ααΣ)。
2.8 静止型α贫血
红细胞形态、Hb电泳正常。遗传学:父母双方或一方有α珠蛋白基因缺陷。出生时HbBart's成分占1%～2%,出生后很快消失。基因型可为(-α/αα)、(ααΣ/αα)。
参考文献
[1]张肇和,程少杰.珠蛋白合成异常所致溶血性贫血//邓家栋,杨崇礼,杨天楹,等.邓家栋临床血液学[M].上海:上海科学技术出版社,2001:578-562.
[2]张新华,周艳洁,李平萍,等.广西南宁农村育龄人群地中海贫血筛查及基因型和血液学参数分析[J].中华流行病学杂志,2006,27(9):769-770.
[3]张俊武,龙桂芳.血红蛋白与血红蛋白病[M].南宁:广西科学技术出版社,2003:233-235.
基因分型 篇5
149名乙肝患者病源来自我院2013年4月1日至2014年3月31日一年内进行基因分型和耐药位点检测的住院患者,诊断附合乙型肝炎诊断标准,其中男113名,女36名,年龄18-75岁,年龄均值43.75。
二.结果
1、149例乙肝患者血浆检测,基因型为“B”型者3例,基因型为“C”型者133例,13例基因序列无扩增。且基因型为“B”型者3例标本均无耐药位点变异。基因型为“C”型者133例患者中有114例发生耐药位点变异。
2、114例乙肝患者的相关耐药药物和百分比。
3、52例拉米夫定(LAM)耐药患者的变异位点及变异率
三.讨论
由以上结果可以看出:乙肝病毒基因型为“B”型者病人不易产生耐药,而乙肝病毒基因型为“C”型者病人易产生耐药;易产生耐药抗病毒药物是拉米夫定(LAM),恩替卡韦(ETV)和替比夫定(LDT)次之,阿德福韦脂(ADV)和替诺福韦脂(TDF)不易产生耐药;耐药位点主要在rtL180MrtA181V/TrtM204V/T位点上[1]。
当前抗病毒治疗的药物主要分为以下两类:干扰素和核苷(酸)类药。但因干扰素长期的肌肉注射对人体的不良反应及治疗所需的高额费用使其应用受到限制,且用起来也不方便,所以现在很多的人会选择使用口服类的药物进行抗病毒治疗。而目前口服类的药物主要是核苷酸类的药物,这类药物有一个共同的缺点就是长时间用药容易产生耐药性,像拉米夫定、恩替卡韦、阿德福韦酯、替比夫定等,而这些药物的疗效又比较慢,也决定了需要长期用药[2]。
通过对乙肝患者的血清进行基因分型和耐药位点检测:1.可以早期、全面了解患者耐药信息,及时调整治疗方案。2.预测患者的疾病进展及对干扰素的应答性;对干扰素治疗的应答,HBV基因型A>D、B>C;与C型患者比较,B型患者较早出现HBeAg血清学转换,较少进展为慢性肝炎、肝硬化、HCC。
我们通过对乙肝患者的血清进行基因分型和耐药位点检测,我们可以早期、全面了解患者的基因和耐药信息,及时选择抗病毒治疗途径和调整治疗方案,提高疗效和减少患者的经济支出。
参考文献
[1]潘兴飞,李刚.HBV感染育龄妇女的抗病毒治疗[J].1临床内科杂志,2012,29(8):516-517.
基因分型 篇6
关键词：乳腺癌,基因分型,预后
临床上相同的组织类型，临床分期的乳腺癌患者采用相同的治疗方法，其治疗的敏感性和预后存在很大差异。这说明传统的临床预后指标已不能完全反映乳腺癌的生物学特性，也说明乳腺癌是一类分子水平上具有高度异质性的疾病。随着肿瘤分子病理学的发展以及以免疫组化技术为基础的分型应用。我们将乳腺癌分为不同分子亚型。回顾分析824例乳腺癌术后患者，发现不同分子亚型的预后有显著的差异。现报道如下。
1 资料与方法
1.1 一般资料
2001至2010年，我科确诊乳腺癌患者824例，均行手术治疗及免疫组化分析，所有病例均为女性，年龄23～74岁，中位年龄42岁。
1.2 治疗方法
本组患者均行手术治疗，其中保乳根治术56例，单纯乳腺切除术4例，标准根治术2例，改良根治术762例。术后全组患者均行免疫组化分析，根据perou1[1]和sorlie[2]的标准，在本组病例中将乳腺癌分为5种亚型，其中luminalA型，即ER（+）或PR（+）且HER-2（-）386例，占%，luminalB型，即ER（+）或PR（+）且HER-2（+）129例，占15.7%，HER-2过表达型，即ER（-）或PR（-）且HER-2（+）81例，占9.8%，三阴型即ER（-）或PR（-）且HER-2（-）181例，占21.96%，Normal-like型，即ER（-）或PR（-）且HER-2（-）CK5/6（-）47例，占5.7%。术后按NCCN《乳腺癌临床实践指南》行术后放化疗及内分泌治疗，接受化疗816例，放疗102例，激素受体阳性患者，均口服三苯氧胺五年。化疗方案选择：1.AT方案，吡柔比星50mg/m2，或表柔比星25mg/m2，或多西他赛75mg/m2;2.FAC方案环磷酰胺500 mg/m2，吡柔比星50mg/m2, 5-Fu500mg/m2, 21d为一周期，共6周期。
2 随访及预后
术后常规随访5年，luminalA型386例，发病率最高，是最常见的分子亚型。luminalB型129例，HER-2过表达型81例，三阴型181例，Nornul-like型47例。与Kim[3]等对776例乳腺癌患者进行分型，所得结论相似。全体患者转移率约为17%。其中脑转移19例，骨转移32例，肺转移72例，其余部位17例。局部复发173例，其中luminalA型38例，luminalB型41例，HER-2过表达型45例，三阴型49例。本组病例随访60个月，结果显示，luminalA型预后最好，luminalB型预后较好，HER-2过表达型和三阴型预后最差，Nornul-like预后较好。
3 讨论
乳腺癌是全球妇女第二大癌症死亡原因。早期发现，早期治疗是提高乳腺癌治愈率的关键。传统的病理形态学分型在临床实践中已经逐渐显示出不完善性。随着近几年来，肿瘤分子病理学的发展以及以免疫组化技术为基础的基因分型应用，乳腺癌基因分型的概念已被广大临床医生所认同。我们通过回顾本组患者的治疗及预后，做出以下总结：luminalA型：因ER（+）HER-2（-），内分泌治疗的敏感性与ER水平呈正相关，属于内分泌治疗敏感性肿瘤，其疗效最佳，预后最好。luminal B型：因ER（-）HER-2（+）内分泌治疗反应性低，但仍有效，预后较好。HER-2过表达型：由于激素受体表达阴性，内分泌治疗无效，但化疗效果好，HER-2（+）是靶向治疗的绝对适应症，可接受赫赛汀等药物靶向治疗，但预后差。三阴型:与其他分子亚型相比预后最差，远处转移率明显高于其他基因分型，是评估转移风险很有意义的指标。该型患者内分泌治疗无效，化疗效果好，但此型患者多数5年内发生转移，如以5年无病生存率为指标，其预后最差。Nornul-like型因其基因表达与正常乳腺组织相似，预后最好。在局部复发的比较中，几个亚型中无明显差异。据Ihemelandu[4]等报道372例乳腺癌病例中位随访36个月的结果显示，三阴型的远处转移率明显高于luminalA型，luminal B型和HER-2过表达型。是预测远处转移的独立预后因素。同时报道372例乳腺癌病例的结果显示，luminalA型，luminal B型，HER-2过表达型，三阴型的平均生存期分别为77.6个月，73.4个月，64.4个月和63.3个月.各亚型中HER-2过表达型，三阴型预后最差。而与我们的结果相似。
通过本组患者的研究，我们认为乳腺癌不同分子亚性在临床的应用，不仅有助于我们对该病患者预后的判断，还有助于我们判断肿瘤对治疗的反应。随着分子亚型概念的认同及我们在临床实践中应用的不断总结及进步，从乳腺癌不同分子亚性的角度分析乳腺癌的本质及转移风险，更早的确定患者的个体化最佳治疗方案，从而进一步降低了乳腺癌患者的病死率，提高了患者的生活质量。
参考文献
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基因分型 篇7
1 对象与方法
1.1 研究对象
2009年11月至2011年9月在包头医学院第一附属医院妇科门诊所有行HPV检测筛查的就诊者, 年龄18~68岁, 平均年龄39.27岁。
1.2 仪器及试剂
Biometra扩增仪, DTY-2008分子杂交仪, DNA提取试剂和HPV扩增试剂、杂交试剂 (深圳亚能生物技术有限公司) 。
1.3 研究方法
本研究试验采用PCR-反向点杂交法, 统计采用SPSS 11.5统计软件分析。
2 结果
2.1 基因分型检测
468例受检者中共检出165例阳性, 总阳性检出率为35.25%。总感染人次为233人次, 其中检出高危基因型感染的患者为171人次, 构成比例依次为HPV16、58、66、33、56和18型为主, 其次为HPV52、53、59、31、35、45、51、68、73、39和83型。低危型感染患者为62人次, 其构成比由高到低, 依次为HPV43、42、6和11型。详见表1。
2.2 HPV基因亚型多重感染情况
多重感染病例数为43例, 占感染患者165例阳性样本中的26.06%;以双重感染最多见, 占多重感染的62.79%, 三重感染占23.25%, 四重感染占11.63%, 六重感染占2.33%。
2.3 感染年龄分布
由表2可见468例HPV受检者在<20岁、20~30岁、30~40岁、40~50岁和>50岁年龄区间HPV的感染率分别为0%、40.6%、34.8%、30.9%和38.1%。感染高峰在20~30岁、30~40岁和>50岁这三个年龄段, 对各年龄组别进行χ2检验, χ2=1.98, P>0.05, 显示感染者的年龄差异无统计学意义。
3 讨论
在普通人群中HPV感染非常普遍, 正常妇女HPV感染率为20%~46%不等[4], 也有报道在性生活活跃者的一生中感染HPV的机会高达75%~80%[5]。本文结果阳性率达35.25%, 与文献报道相似。HPV分布有地理性, Bulk等[6]报道全世界高危型HPV主要是HPV16、18型。而本研究高危型分布有所不同, HPV58型仅次于HPV16, 与我国杨英捷等[7]和梁凤荣等[8]报道一致, 可能与我国地域辽阔, 不同民族和地区存在差异有关。当机体感染HPV, 病毒基因可整合到宫颈细胞, 机体免疫系统可识别感染细胞并加以消除。若感染细胞继续存活并增生, 可发展为癌前病变或宫颈癌。流行病学调查显示, HPV感染是子宫上皮内瘤变和宫颈癌的主要病因[9]。有文献报道高危亚型HPV的持续性或反复感染已被确定为宫颈癌发生的最主要原因, 由于不同亚型HPV其编码外壳蛋白的基因变异很大, 不同亚型HPV之间基本上没有交叉保护抗体, 容易造成不同高危型HPV多重感染或多次感染[10]。Lee等[11]进一步研究了多重HPV感染与宫颈癌的关系, 结果发现单一HPV感染使宫颈癌的患病风险增加19.9倍, 而多重HPV感染使该风险增加到31.8倍。本研究结果显示, 在165例HPV感染阳性的受检者中, 有43例为HPV多重感染, 占到总感染数的1/4以上, 这提示HPV多重感染将逐步成为宫颈癌患病风险的主要因素之一。
宫颈HPV感染与年龄相关, 有文献报道芬兰人HPV感染25~29岁之间发病率较高[12];美国调查研究发现20~24岁女性发病率最高[13], 意大利对无症状性女性HPV亚型检测显示20~30岁发病率最高[14]。本文受检者HPV感染率与年龄无相关性, 但研究结果显示在20~30岁HPV感染率最高, 与上述报道相似。这提示可能的原因是在20~30岁的受检者对HPV感染相关知识认识不够, 而造成感染;另外, 在本研究中, 30~40岁和>50岁的受检者HPV感染率较高, 这可能和受检者的工作压力大、精神紧张和生活习惯等因素有关, 从而造成免疫力低下, 增加感染几率。
本研究利用DNA杂交技术这一高通量基因检测技术, 仅需一次扩增, 即可同时检测23种高危型和低危型HPV感染。该方法具有通量高、灵敏度高、特异性好、可检测多重感染等优点, 可用于宫颈癌等疾病的早期预警和诊断, 有利于防治宫颈癌的发生并了解HPV感染的转归, 适用于大规模临床筛查。
摘要：目的:探讨女性HPV DNA检测在宫颈癌防治方面的意义。方法:应用PCR-反向点杂交技术对468例妇科门诊就诊者基因分型检测。结果:468例样本中, HPV感染者165例, 阳性率35.25%, HPV感染人次233人次。检测高危型HPV (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 73, 83) 171人次, 占感染总人次的73.39%;检出低危型HPV (6, 11, 42, 43) 62人次, 占感染总人次26.61%。43例样本中包含了2～6种亚型的感染。结论:DNA杂交技术检测HPV基因分型, 可一次检测多种亚型, 有利于对HPV多重感染的诊断和宫颈癌的防治, 可作为宫颈癌筛查的手段。
基因分型 篇8
养鸡场对新城疫的疫苗免疫预防高度重视, 成功控制了新城疫大规模的爆发流行, 但近年来新城疫在我国的流行形势发生了变化, 散发常有, 且高抗体水平鸡群亦发生新城疫, 流行形势依然严峻[3,4,5]。2013年4 月份, 陕西省渭南市某规模蛋鸡场鸡群发病, 主要表现为产蛋鸡产蛋率由93% 下降至50% 左右, 产软蛋、变形蛋, 有呼吸道症状, 拉绿色、黄白色稀粪。剖检病死鸡可见盲肠扁桃体出血溃疡, 腺胃乳头有散在的点状出血, 泄殖腔黏膜出血, 气管、喉头出血, 输卵管黏膜潮红, 有炎性渗出物。为查明原因, 本试验从发病鸡场采集组织病料, 进行病原的分离和鉴定, 旨在为临床控制疫情提供技术支持。
1 材料
1. 1 病料
气管、肺脏、肝脏和脾脏等组织采自渭南市发病鸡场中的病死鸡, 加入约5 倍体积的灭菌生理盐水, 剪碎, 用研磨器研磨呈糊状, 12 000 r/min离心10 min, 取上清液于- 70 ℃ 保存, 备用。
1. 2 主要试剂
NDV标准阴性血清、标准阳性血清、标准抗原, 购自中国兽医药品监察所; TRIzol Reagent, 购自Invitrogen公司; AMV反转录酶 ( 10 U / μL) 、RNA酶抑制剂 ( 40 U/μL) 、DEPC处理水、r Taq酶 ( 5 U/μL) 和d NTP ( 各成分均为10 mmol / L) 等, 均为生工生物工程 ( 上海) 有限公司产品。
1. 3 SPF鸡胚
SPF鸡蛋, 购自杨凌绿方生物工程有限公司, 在咸阳职业技术学院畜牧兽医研究所动物疫病分子生物学诊断实验室孵化至9 日龄使用。
1. 4 引物的设计与合成
参考国家标准《GB /T16550— 2008》合成2 条NDV特异性引物: NDV - F 5' - ATGGGCYCCAGAYCTTCTAC - 3'; NDV - R 5' - CTGCCACTGCTAGTTGTGATAATCC - 3'。 采用RT - PCR方法进行扩增, 预期扩增片段大小为535 bp, 引物由生工生物工程 ( 上海) 有限公司合成, 均用DEPC处理水稀释至20 μmol/L。
2 方法
2. 1 病毒的分离
向处理好的组织病料上清液中加入双抗, 至终浓度含青霉素2 000 U/m L、链霉素2 mg /m L, 在室温条件下静置30 min; 取上清液0. 2 m L, 经尿囊腔接种9日龄SPF鸡胚, 共接5 枚; 置孵化器中继续孵化, 每隔8 h照胚1 次, 收获24 ~ 72 h死亡鸡胚的尿囊液; 将收获的尿囊液稀释100 倍, 按照上述方法连续传代3次, 最后将收获的尿囊液于- 70 ℃保存, 备用。
2. 2 血凝- 血凝抑制试验的鉴定
收集的尿囊液经血凝试验 ( HA) 测定具有血凝性后, 用抗NDV标准阳性血清与分离株进行血凝抑制试验 ( HI) , 同时对NDV标准抗原和标准阴性血清进行血凝抑制试验作为参照, 将鉴定完成后的毒株命名为SXWN株。
2. 3 毒力测定
10 倍梯度稀释尿囊液, 取1 × 10- 7~ 1 × 10- 11共5 个稀释梯度, 接种10 日龄SPF鸡胚, 每个稀释梯度接种4 枚, 每胚接种0. 1 m L, 继续孵化, 弃去24 h内死亡鸡胚, 24 h后每隔6 h照蛋1 次, 记录鸡胚死亡情况, 连续观察120 h, 采用Reed - Muench法计算鸡胚半数致死量 ( ELD50) 。10 倍梯度稀释病毒, 每个稀释度接种8 枚10 日龄SPF鸡胚, 继续孵化, 弃去24 h内死亡鸡胚, 每天照蛋4 次, 连续观察7 d, 同时设接种灭菌生理盐水作为正常对照, 观察鸡胚死亡情况, 计算鸡胚平均死亡时间 ( MDT) 。
2. 4 RT - PCR检测与基因克隆测序
按照TRIzol Reagent试剂说明书提取总RNA, 自然干燥。反转录体系 ( 总体积为20. 0 μL) : DEPC处理水10. 5 μL, NDV - F 1. 0 μL, d NTP 4. 0 μL, 5 ×AMV Buffer 4. 0 μL, AMV 0. 25 μL, RNA酶抑制剂0. 25 μL。用反转录反应液充分溶解核酸, 置42 ℃ 水浴反转录90 min, 获得第一链c DNA。PCR反应体系 ( 总体积为25. 0 μL ) : c DNA 2. 0 μL, 超纯水16. 25 μL, 10 × PCR Buffer 2. 5 μL, Mg Cl22. 0 μL, d NTP 1. 0 μL, NDV - F和NDV - R各0. 5 μL, r Taq酶0. 25 μL。PCR反应条件: 95 ℃预变性5 min; 94 ℃30 s, 55 ℃ 30 s, 72 ℃ 45 s, 共30 个循环; 最后72 ℃再延伸10 min。取5. 0 μL扩增产物, 用15 g /L琼脂糖凝胶电泳, 在凝胶成像系统中照相观察。回收纯化PCR产物, 与p GEM - Teasy载体连接, 转化大肠杆菌DH5α 感受态细胞, 经Amp筛选挑取单个菌落, 37 ℃摇动培养至饱和, 将PCR鉴定为阳性的菌液送生工生物工程 ( 上海) 有限公司测序, 并比对分析获得序列和参考序列。
3 结果与分析
3. 1 血凝- 血凝抑制试验结果
经测定, NDV标准阳性血清与标准抗原的血凝抑制效价为8 lg, 标准阴性血清与标准抗原的血凝抑制效价为0, 对照成立。待检尿囊液的血凝效价为7 lg, NDV标准阳性血清对待检尿囊液的血凝抑制效价也为7 lg, 根据国家标准的判定方法, 可确定所分离毒株为新城疫病毒, 并命名为SXWN株。
3. 2 ELD50和MDT的测定
经测定, SXWN株的ELD50为1×108.6/0.1 mL, MDT为52 h。根据NDV毒力划分标准, 本试验分离得到的SXWN株为强毒力株。
3. 3 RT - PCR扩增结果
采用RT - PCR方法对SXWN株尿囊液进行F基因主要功能区扩增, 结果克隆得到大小为535 bp的特异性目的基因条带, 与预期长度相符, 见图1。
1.SXWN株尿囊液;M.DNA分子质量标准 (100~1 000 bp) 。
3. 4 核苷酸与氨基酸序列的比对结果
对扩增的SXWN株F基因主要功能区片段进行测序, 并比较分析获得的序列和Gen Bank中的参考毒株。主要参考毒株有AF375823 ( B1) 基因Ⅱ型、AY508514 ( F48E9 ) 基因 Ⅸ 型、AY562987 基因 Ⅴ 型、AY562989 基因 Ⅵ 型、AY562991 ( Ulster 67 ) 基因Ⅰ型、AY734534 基因 Ⅷ 型、AY741404 ( herts ) 基因 Ⅳ 型、DQ097394 基因Ⅰ型、JF950509 ( Mukteswar ) 基因Ⅲ型、JF950510 ( La Sota) 基因Ⅱ型、NDV05 - 005 基因Ⅶ型和NDV05 - 009 基因Ⅶ型。将序列导入DNAstar软件, 比较核苷酸和氨基酸序列的同源性, 结果见表1。
由表1 可知, SXWN株与参考毒株核苷酸的同源性在83. 4% ~ 97. 2% 之间, 与SXWN株同源性最低的是AF375823 ( B1) 株, 最高的是NDV05 - 009 株。氨基酸同源性在84. 8% ~ 96. 1% 之间, 与SXWN株同源性最低的是AY562991 ( Ulster 67) 株, 最高的是NDV05 - 005 株和NDV05 - 009 株。
3. 5 F基因系统发生树的绘制结果
采用DNAstar软件中Meg Align比较分析并绘制出系统发生树, 对这些毒株进行基因分型, 能够直观展示出毒株之间的进化关系, 结果见图2。
%
注: 右上角为核苷酸同源性, 左下角为氨基酸同源性。1 ~ 13.SXWN、NDV05 - 005、NDV05 - 009、AY562989、AY562991 ( Ulster 67 ) 、AY734534、AY741404 ( herts ) 、DQ097394、JF950509 ( Mukteswar ) 、JF950510 ( La Sota) 、AF375823 ( B1) 、AY508514 ( F48E9) 和AY562987。
由图2 可知, SXWN株与参考毒株NDV05 - 005和NDV05 - 009 处在同一个进化分支上, 亲缘关系较近, 都属于基因Ⅶ型。
3. 6 F蛋白氨基酸裂解位点分析
推导氨基酸序列, 分析F蛋白氨基酸裂解位点, 结果见图3。
由图3 可知, SXWN株F蛋白氨基酸裂解位点组成为112RRQ↓KRF117, 符合新城疫病毒强毒株的裂解位点特征。
4 讨论
近年来, 非典型性新城疫发病较多, 给临床诊断造成困难[6]。在本病例中, 通过鸡胚接种和血凝-血凝抑制试验确定分离得到的毒株为新城疫病毒毒株, 命名为SXWN株。SXWN株的ELD50为1 × 108. 6/0. 1 m L, MDT为52 h, 属于强毒力毒株。
随着分子生物学的兴起, PCR技术在动物疫病诊断中的应用越来越广泛, 国内外许多学者运用这一技术对NDV展开了相关研究[7,8]。本研究克隆了SXWN株F基因主要功能区片段, 序列测定分析发现, SXWN株与我国常用疫苗B1、La Sota株的核苷酸同源性仅为83. 4% 和83. 7% , 相应的氨基酸序列同源性均为85. 4% , 同源性明显偏低。正是这一显著的遗传差异导致流行毒株与疫苗株在抗原性上存在差异, 使生产的常用疫苗不能完全保护鸡群免受新城疫流行毒株的攻击[9]。进化树分析结果表明, SXWN株与我国近年来流行的毒株NDV05 - 005 株、NDV05 - 009 株处在同一个进化分支上, 而与疫苗B1、La Sota株明显距离较远。基因分型结果表明, SXWN株属于基因 Ⅶ 型, 与国内近年的研究结果一致, 属于目前流行的优势基因型[10,11]。
NDV F蛋白能否被裂解取决于F蛋白裂解位点区 ( 112 ~ 117) 处氨基酸组成和宿主细胞的特性[12]。研究表明, NDV强毒株融合蛋白裂解位点处的氨基酸基序为112RRQ↓KRF117, 弱毒株这一区域的氨基酸序列为112GRQ ↓ GRL117和112GKQ ↓ GRL117。通过对SXWN株F基因主要功能区片段测序, 推导其氨基酸序列, 结果发现, SXWN株F蛋白氨基酸裂解位点为RRQ↓KRF, 完全符合NDV强毒株特征, 进一步确证SXWN株为新城疫野毒强毒株。这一结果为进一步深入分析SXWN株全基因分子特征和灭活疫苗试验研究奠定了基础。
摘要：为了调查陕西省渭南市某鸡场新城疫高抗体蛋鸡群出现产蛋率下降及神经症状的原因, 试验采用鸡胚接种、血凝-血凝抑制试验和RT-PCR技术对其进行了研究。结果表明:分离得到一株新城疫病毒, 命名为SXWN株;对SXWN株进行毒力测定, 鸡胚半数致死量 (ELD 650) 为1×108./0.1 mL, 鸡胚最小致死量的平均致死时间 (MDT) 为52 h;通过F基因主要功能区片段克隆测序发现, SXWN株与我国常用的疫苗B1、La Sota株的核苷酸同源性仅为83.4%和83.7%, 相应的氨基酸序列同源性均为85.4%;进化树分析发现, SXWN株属于基因Ⅶ型毒株;F蛋白裂解位点为112RRQ↓KRF117, 符合新城疫强毒株的裂解位点特征。说明分离得到的SXWN株为基因Ⅶ型新城疫强毒株。
关键词：新城疫,分离,鉴定,SXWN株,基因型,序列分析
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基因分型 篇9
1 材料与方法
1.1 标本来源
150份粪便标本采自传染病监测平台腹泻症候群的哨点医院的门诊、急诊和少数住院病例。采集2014年4-10月的有腹泻感染症候群病例的粪便标本, 放置-40℃冰箱保存。
1.2 标本处理
取粪便标本少量, 加入样品稀释液[来自丹麦DAKO公司的NV酶联免疫吸附试验 (ELISA) 检测试剂盒], 经旋涡震荡器混匀, 制成10%的粪便悬液。所有标本悬液经8 000 r/min, 高速离心后, 吸取上清液, -40℃保存。
1.3 核酸提取
采用天隆生物科技公司全自动核酸提取仪, 方法按照仪器说明书。提取试剂采用天隆生物科技公司核酸提取试剂盒, 方法按照试剂盒说明书。
1.4 逆转录-聚合酶链式反应 (RT-PCR) 检测
应用随机引物和美国Invitrogen公司的Super ScriptⅢReverse反转录酶进行反转录, 利用引物SLV5317和SLV5729对Sa V衣壳蛋白区进行特异性扩增, 使用德国凯杰 (QIAGEN) 公司的卡夹 (Qi Axcel DNA Screening Cartridge) , 采用毛细管电泳仪电泳观察结果, 扩增产物在434bp处有特异性条带, 判断为阳性。引物及方法参见Phan等[2]的RT-PCR方法。
1.5测序与系统进化分析
阳性标本的PCR产物送上海生物工程股份有限公司进行测序, 参考株序列全部来自美国国立生物信息中心 (National Center for Biotechnology Information, NCBI) 的美国基因数据 (Gen Bank数据库) , 运用生物信息学软件DNAStar和Mega5.1对所得序列进行分析, 采用邻近结合法 (Neighbor-Joining法) 构建系统进化树。
2 结果
2.1 检测结果
收集的150份粪便标本中, 在434bp处有特异性条带的标本共3份, 阳性率为2%。感染的人群为<5岁儿童, 阳性标本采集时间在7月 (2份) 、8月 (1份) , 阳性标本采集时间与患者具体信息如表1。
2.2 系统进化分析
将3株Sa V阳性标本的PCR产物进行序列测定, 将测得序列与Gen Bank上的Sa V参考株序列进行核苷酸相似性比较, 构建系统进化树 (图1) 。经分析, 3株Sa V阳性标本pt14064、pt14073、pt14093之间的遗传距离为0.000, 说明来源于同一个祖先;同时又与GⅠ.2型参考株AB518056和EF600794在同一分支上, 遗传距离分别为0.000和0.004;与其他型别参考株遗传距离相对较远。可见, 3株均属Sa V (GⅠ.2型) 。见图1。
3 讨论
Sa V是1977年日本学者从札幌某托儿所的一起腹泻暴发事件研究中证实的病原体, 2002年8月被国际病毒委员会正式全名为札如病毒, 与诺如病毒一起合称为人类杯状病毒, 是非细菌性急性胃肠炎的主要病原, 经常引起散发和暴发, 给社会造成了很大的疾病负担[3]。近些年来, 由于诺如病毒的基因变异与重组, 引起了急性胃肠的频繁暴发, 同属的Sa V感染在中国的报道也逐年增加, 更应该引起人们的广泛关注。
从1999年以来, 方肇寅等[4]首次报道中国存在Sa V感染后, 国内各地陆续报道Sa V多种基因型的感染[5,6], 吉林省从1998年开始有相关的报道[7]。在2006年常昭瑞等[5]首次报道吉林省2例Sa V感染, 至今相关研究非常匮乏。为更好地了解Sa V在吉林省的流行情况, 本研究将2014年4-10月采集的150份粪便标本进行检测, 采用RT-PCR方法对Sa V部分衣壳蛋白区进行扩增, 共得到3份阳性标本, 检测阳性率为2%, 这一结果与国内研究的平均阳性率2.17%相一致[8]。据文献统计吉林省2000-2012年Sa V感染阳性率为1.63%[8], 可见Sa V在吉林省的感染情况是有所增加的。另外, 加拿大和深圳的报道显示, Sa V在春、秋、冬三季有感染病毒病例, 在夏季无感染病例[9], 而本研究中3例患者的感染时间恰好为7-8月, 正是夏季。在常昭瑞等[5]的研究里吉林省的2份阳性标本中有1例的采集时间也为7月, 提示Sa V感染可发生于一年四季, 吉林省的夏季应特别注意防范。虽然本研究阳性标本病例为<5岁儿童, 但是最近很多报道称Sa V感染人群从青少年到老年人均有发生[10], 所以加强对成人Sa V感染的监测工作亦十分必要。
本研究150份标本中检出3株Sa V, 经系统进化分析, 3株Sa V之间的遗传距离很近, 均属于GⅠ.2型, 说明GⅠ.2型是2014年吉林省Sa V散发流行的优势型别, 与上海和杭州的流行优势株相同[11,12]。在以往吉林省Sa V感染的研究中仅检出过GⅠ.1型和GⅠ.3型[5], GⅠ.2型在吉林省是首次检出, 是否存在其他型别的感染, 还有待进一步研究。虽然目前在吉林省Sa V感染还处于散发状态, 但是国外数据显示随着Sa V引起的暴发事件还在不断地增加, GⅠ.2型的发生率也在不断上升, GⅠ.2型已经引起世界范围的感染, 在新西兰58%的暴发与GⅠ.2型有关, 而在匈牙利100%的暴发与GⅠ.2型有关[13]。2012年在日本[14]2011年在深圳市[15], 暴发也是由GⅠ.2型引起的, 这些都提示要警惕此型别在吉林省引起暴发。另外, 杯状病毒感染在全球正在增加, Sa V和诺如病毒均属于杯状病毒科, Sa VGⅠ.2基因型可能与人类NVGⅡ.4基因型保留有相同的感染机制[16]。对于吉林省是否存在Sa V重组株还不明确, 因此完善Sa V检测方法与感染机制的研究是十分必要的。
本研究明确了2014年吉林省Sa V感染的基本情况, 流行优势株为GⅠ.2型, 此型别也是目前Sa V流行和暴发的主要型别, 这为更好地开展Sa V的分子流行病学研究打下基础, 也为吉林省防控Sa V感染提供重要的参考数据。
摘要：目的 了解吉林省2014年札如病毒 (Sapovirus, Sa V) 感染的基因型别和流行特征。方法 收集2014年腹泻症候群的粪便标本, 采用逆转录-聚合酶链式反应 (RT-PCR) 方法对Sa V进行检测, 对阳性PCR产物进行序列测定和系统进化分析。结果 150份粪便标本中3份为Sa V感染, 检测阳性率为2%;感染时间为7-8月份, 感染病例为<5岁儿童, 系统进化分析表明均属于GⅠ.2基因型。结论 札如病毒是吉林省引起病毒性腹泻的病原之一, 2014年流行的优势株为GⅠ.2型。